3月31日東航云南分公司從昆明飛往大理、麗江、版納、芒市、思茅和臨滄六地航班返航，航班飛到目的地上空后，乘客被告知無法降落，又都飛回昆明。東航聲稱返航系天氣原因，但當天其他航空公司航班則正常降落。
4月2日東航否認飛行員罷工。
4月3日東航向媒體表示：“(因為)有一些航班比較集中，所以大家可能有些猜測，但是我現在告訴你，還是因為天氣原因。那么，我們對旅客也進行了及時的疏導，也及時調配運力，現在航班恢復正常了，也沒有滯留旅客了。”
4月4日晚上民航局進行研究后決定，派出的工作組將對返航原因進行詳細調查。
4月5日下午東航向媒體發來一封致歉信———對于3月31日航班返航事件給旅客帶來的諸多不便表示誠摯的歉意。同時，東航仍表示，返航是“天氣原因”。不過目前該公司正在開展進一步調查，如若查實是人為原因，將視情依法依紀嚴肅處理。
4月6日工作組抵達昆明調查。
4月7日東航公布調查情況，首次承認返航事件存在人為因素，兩名負責人停職。