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原標題:新冠病毒有“多長”? 上海疾控詳解:德爾塔變異株如何查“家譜”?
6日,記者從上海市疾控中心獲悉,此前其通報:上海市8月2日新增的1例新冠肺炎確診病例感染的新冠病毒基因測序結果顯示,屬于德爾塔(delta)變異株,與境外德爾塔變異株同源性較高。基因同源性較高是什么意思?基因測序是如何發現病毒基因與境外變異株高度相似的?來看上海市疾控中心的解答↓
新冠病毒就像一條手鏈,可以由不同的珠子串起來,手鏈上的每顆珠子都是具有特殊功能的基因。當把珠子放大,就會發現每顆珠子都是由四種堿基緊密排列組成的。所以,基因測序就是先發現珠子,再放大看其中的堿基是怎么排列的;當把堿基排列情況看清楚時,就可以完全測定出來新冠病毒的核酸序列。
新冠病毒這條“手鏈”的長度為29903(約3萬)個堿基。在以前技術不是那么發達的時候,技術人員測定整個基因組可能要耗費數周甚至數月的時間。隨著科學技術的發展,憑借全基因組測序技術,可以一次性完成之前數月的工作。當然,這項技術操作起來比較復雜,不僅僅需要在實驗室里進行,還需要高性能計算機,至少分析數小時才能完成。
還是拿手鏈打比方,通過對比不同“手鏈”的差異,我們可以將相似的“鏈子”歸到同一個“系列”,這個過程叫分型。
各種分型方法的原理是類似的,都是利用病毒傳播過程中核酸序列上特定位置的變化來進行分型,這對防控工作十分重要,是明確病毒來源并調整防控策略的重要依據之一。
為什么能通過基因測序鎖定病毒來源
上海市疾控中心對上海市8月2日病例的呼吸道標本開展了新冠病毒全基因組序列測定,結果顯示,雖然該病毒屬于德爾塔型,但它的變異情況和一株北美株高度相似,而與近期我國其他地區的病例感染的病毒變異不一樣。結合病例的工作性質,因此推測此次本土病例感染來源很可能是國外而不是國內其他地區。
病毒發生變異后,這些變異會遺傳給病毒的下一代并且不大可能返祖,也就是說處在同一傳播鏈條上的病例帶有的病毒肯定會包含之前傳播者帶有的病毒的全部變異。因此,通過比較病毒變異是否一致,我們就可以判斷兩個病例之間是不是在同一傳播鏈上,一例一例比較后能精準地推斷病毒的來源。
基因測序還有更多高大上的作用
科學家通過對病毒進行全基因組測序,可以了解新冠病毒不同傳播階段的變異情況,由此推測病毒對人的感染力的變化情況。
還可以了解現在的核酸檢測診斷試劑是否有效,因為核酸檢測僅僅是檢測病毒核酸序列的一部分,如果被檢測的這部分序列發生改變,那么就需要對檢測試劑進行改進了。
另外,疫苗研發者可利用基因組測序技術觀察病毒變化情況,研究現有疫苗或正在研發的疫苗是否有效,從而對疫苗的研發策略進行修改,讓疫苗更有針對性。
責任編輯:楊亞龍
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