同時，三家上市公司還對“飛天系”關聯公司進行了數額巨大的違規擔保，加上直接占用資金，已超過了16億元。此外，邱忠保還打著收縮戰線發展主業的旗號，頻頻將上市公司的子公司轉讓，借此套取了數目不小的現金。比如2003年1月，邱忠保就讓福建三農控股的子公司福建匯天生物藥業以4000萬元收購了虧損企業河北龍昌藥業95%的股權，而后者正是西安飛天旗下上市公司中油龍昌的子公司。

　　由于“飛天系”是邱忠保一人全資，他愛怎么決策就怎么決策。因此，他經營公司極不嚴謹，也極為霸道，常常幾百萬的錢從上市公司財務那里拎了就走，連領條、借據都不寫，公司董事會、總經理、財務都成了擺設。

　　對于被挪用的資金去向，據邱忠保身邊的人交代，部分被他用去堵窟窿，部分則被他賭掉了。邱忠保好賭，他不只是澳門賭場的常客，美國的拉斯維加斯、馬來西亞的云頂經常能見到他的蹤影。常常是滿箱子去空袋子歸，把經商好不容易賺來的錢都輸光了，甚至把貸款也輸掉了。

　　清欠風暴吹開“黑幕”

　　2004年年初，“飛天系”開始出現資金鏈斷裂跡象。2005年4月，福建三農、浙大海納年報相繼披露，“飛天系”占用旗下上市公司資金大白于天下。

　　違規對外擔保和大股東占用上市公司資金，是我國證券市場兩大痼疾。2005年11月，國務院批轉證監會《關于提高上市公司質量意見》，明確規定控股股東或實際控制人不得以向上市公司借款、由上市公司提供擔保等各種名目侵占上市公司資金。一場聲勢浩大的清欠風暴在全國掀起。

　　2005年5月30日，福建三農接到了福建證監局的立案調查通知書。2006年3月2日，福建證監局向該省公安廳移送了邱忠保等人涉嫌挪用福建三農集團4.96億元巨額資金的犯罪線索。同年3月3日，公安廳經偵總隊對邱忠保等人涉嫌挪用資金案立案偵查，并成立了代號“3·3”專案組，由副廳長李清任專案組組長。

　　據經偵總隊領導介紹，該案是福建省公安機關偵辦的第一起涉及大股東或實際控制人挪用上市公司資金案件。本案犯罪時間跨度長、涉及面廣、社會影響大，所有涉案犯罪嫌疑人在福建證監局立案稽查后銷聲匿跡，占用資金去向不明，偵辦難度很大。專案組克服種種困難，經過近6個月的縝密偵查后，不僅把福建證監局移送的涉案犯罪嫌疑人全部抓獲，偵查中增補的其他5名重要涉案犯罪嫌疑人除一人在逃外悉數到案，挽回經濟損失近千萬元，凍結相關資產3000多萬元。

　　經查，邱忠保伙同犯罪嫌疑人莊季希(原“三農集團”董事長、飛天集團副總裁)密謀策劃，在取得福建三農集團控股權后，指使其派往該公司的犯罪嫌疑人周軍、陳劍、季年誼、姜炳華等人利用職務上的便利，大肆挪用福建三農資金給“飛天系”關聯公司及其個人使用。其中包括挪用福建三農3.53億元國債投資款、2500萬元職工安置款、收購陜西紅盾1525萬元股權轉讓款等。

　　邱忠保為了掩蓋其非法占有、挪用福建三農集團巨額資金，隱瞞貸款、違規擔保，包裝上市公司利潤等目的，指使姜炳華、陳劍、周軍等人聽從莊季希的安排向福建三農股東和社會公眾提供虛假的、隱瞞重要事實的財務會計報告。在莊季希的具體操控下，陳劍、武煒敏、趙紅陽等人向福建三農財務中心提供了大量偽造的、不完整的財務票據和虛構的合同、協議，并虛構了國債投資、委托理財、對外投資等經濟業務及其利潤和2.3億元的外埠存款，以及隱瞞了貸款、違規擔保重要事項，致使2001年至2003年間福建三農的財會報告嚴重失實。