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“我的兒子是唯一確診患有這種疾病的人類”,馬特·邁特(Matt Might)在2012年的一篇博客上說道。
馬特是阿拉巴馬大學醫學院的一名教授。十多年前,他與妻子克里斯蒂娜(Cristina Casanova)迎來了第一個孩子的誕生。隨后,他們的生活駛向了一個始料不及的方向。
命運的玩笑
馬特與克里斯蒂亞相遇在20多歲的青春年華。當時的馬特是名害羞的計算機極客,而克里斯蒂娜則是一名哲學愛好者。兩個看似毫無交集的年輕人之間,擦出了愛情的火花。相戀后不到一年,他們就走進了婚姻的殿堂。
他們的故事像極了好萊塢愛情電影,甜蜜而不落俗套?;楹蟛痪?,馬特獲得了計算機學博士學位,即將前往大學就任助理教授??死锼沟倌葎t念完了MBA,想要在職場上大展宏圖。無限未來在不遠處向他們招手。此時,他們的第一個孩子伯特蘭(Bertrand)呱呱落地。小伯特蘭的名字來源于著名哲學家、數學家和邏輯學家羅素(Bertrand Russell),是父母雙方都極為崇拜的人物。新生命的到來,像是愛情事業雙豐收的完美注腳。
然而意外總是悄然而至。幾周后,這對年輕父母發現,小伯特蘭好像一直感覺到不舒服,整個人也總是搖搖晃晃的。他們試圖安撫小伯特蘭的情緒,卻總是引起他更大的反感。馬特起初感覺自己是個糟糕的新手父親,但隨著小伯特蘭的癥狀愈發加重,馬特夫婦最終還是帶著他去看了醫生。
醫生原本認為小伯特蘭的大腦可能有損傷,但核磁共振成像的結果一切正常。幾番測試后,醫生又說小伯特蘭患有罕見的“共濟失調 - 毛細血管擴張癥”,但基因檢測隨即排除了這個可能性。再之后,醫生判斷小伯特蘭患上了這種或是那種致命代謝疾病。然而在接下來的幾個月,額外的測試一項一項把這些疾病剔除出名單。
馬特夫婦到了崩潰邊緣。幾個月前,他們還能半開玩笑地對朋友說,將來孩子不管攻讀什么領域的博士學位,他們都支持。如今,他們把給小伯特蘭讀大學的存款取了出來,用于治病?!拔覀兙烤棺鲥e了什么?” 克里斯蒂娜在一個夜晚突然情緒失控,哭著對馬特說。
沒人知道答案。甚至,沒人知道小伯特蘭罹患的究竟是不是遺傳病。一些醫生認為,有可能是生殖細胞中的一些罕見隨機突變,導致了小伯特蘭的癥狀。在這種情況下,小伯特蘭的疾病很有可能是獨一無二的。這也許能夠解釋,為何他的病因遲遲未能找出。
找到兇手
正當馬特一家陷入絕望之際,來自杜克大學的醫學遺傳專家范達娜·沙施(Vandana Shashi)讀到了小伯特蘭的病例。當時,范達娜正在啟動一項全新的科研項目,用基因序列來診斷新疾病。她聯系到了馬特夫婦,希望對他們以及小伯特蘭的基因組進行測序,尋找兩者不一致的地方。這能確認他們的兒子得的是不是遺傳病。
馬特一家是幸運的。如果再早十年,想要獲得他們的基因組數據,需要耗費數億美元,普通人壓根做不起這樣的測試。但當范達娜找上門時,基因組測序的成本早已降低至數千美元。而馬特夫婦選擇進行“外顯子測序”,只分析編碼人類蛋白的部分。這些序列只占全基因組的2%,能進一步降低成本。
通過分析,科學家們發現小伯特蘭的NGLY1基因上帶有突變。NGLY1基因編碼的蛋白在“回收細胞廢物”上起了重要的作用,它們能將糖分子從受損的蛋白質上剝離下來,回收利用。如果它的功能受到影響,就會引起一系列復雜的癥狀。
為了確認這一點,他們隨即將小伯特蘭的細胞樣本送去做代謝檢測,很快,專家們返回了分析結果——這些細胞內檢測不到NGLY1蛋白的功能。他們幾乎能100%肯定,小伯特蘭的病因是NGLY1基因突變。
而小伯特蘭也成了當時人類已知的唯一一名患者。
人工智能
馬特必須與時間賽跑。在一個深夜,克里斯蒂娜坐在小伯特蘭的床邊,做好了和兒子告別的準備。持續數周與病魔的纏斗,已經讓這名小男孩奄奄一息。他的骨頭里沉積著淡黃色的不明物質,腹部隆起,體內充滿積液。醫生們用一根引流管把小伯特蘭從鬼門關拉了回來,但這也只是權宜之計。除了不斷抽取積液,他們已經束手無策。
原本只是負責網絡安全,尋找軟件里的漏洞的馬特,有了一個全新的追尋方向。因為身患重疾的兒子,他轉而和團隊開始創建一個人工智能(AI)系統,用來篩選和分析海量醫學信息。
這個AI系統叫做mediKanren。它就像醫學世界中的一個導航儀,能從基因、蛋白質、疾病癥狀、患者治療結果和藥物等各類錯綜復雜的信息里大海撈針,找到疑難雜癥的病因。
經過調試之后,小伯特蘭成了mediKanren系統服務的第一位真實患者。馬特將他的多種癥狀輸入AI系統,而屏幕上也跳出了數百條分析結果。這些結果根據小伯特蘭的癥狀進行了分類,最高的幾種可能包括癌癥、自身免疫疾病和感染。
馬特已經知道他兒子體內缺少NGLY1蛋白。根據這一點,他排除了癌癥與自身免疫疾病的可能,更傾向于兒子得了某種奇怪的感染。小伯特蘭住過很多次醫院了,感染已是家常便飯。但為什么這次感染來得如此兇險?
沒等馬特找到答案,小伯特蘭又病了。在前往醫院的途中,他的體溫不斷上升,就血氧水平開始驟降,這是極度危險的信號。馬特向醫生提及感染的可能性。當醫生進行搶救時,一位護士確認了馬特的想法:“是感染性休克。”
但這無助于找到病因。小伯特蘭挺過了休克,又經歷了兩場手術。醫生們從他的股骨上刮下了許多淡黃色物質,血培養的檢測結果卻呈陰性。
馬特決定再次求助mediKanren,而這次AI系統給出了一長串可能的微生物列表,包括一種假單胞菌。這種細菌原本并不算危險,絕大多數人感染后,也只會有輕微的癥狀。但對免疫功能不佳的小伯特蘭,卻可能引起致命的癥狀。
根據這張細菌列表,馬特與合作的科學家們再次分析了他兒子的樣本,而他肺部積液中的假單胞菌的水平果然出現飆升,從2%上升到了13%。此外,他們還在樣本里找到了大腸桿菌,這也是AI系統給出的可能性之一。在服用對應的抗生素后,小伯特蘭的癥狀消失了。
造福更多家庭
2019年,mediKanren正式出現在了公眾的視野當中。很快,它迎來了自己大展身手的機會,幫助到了另一個罕見病家庭。
這次,故事的主角是一名叫做馬特奧(Mateo)的男孩。盡管已經13歲了,但他卻幾乎無法和父母用語言交流。與很多罕見病患兒一樣,馬特奧做了很多測試,最終確診為患有ADNP綜合征。這是一種罕見的神經發育疾病,世界上只有幾百名患者。而疾病背后的原因,正是ADNP基因的突變。
而mediKanren在搜索ADNP基因后,發現一種叫做氯胺酮(ketamine)的藥物可能可以調節ADNP基因的表達。這看起來非常不可思議,因為氯胺酮因為會使人致幻,曾是一種受管制的麻醉藥物。直到最近,人們在逐漸意識到它在抑郁癥上的治療價值。至于ADNP綜合征?這看起來和氯胺酮完全無關。我們真的要給青春期的孩子們用這種藥嗎?
馬特給ADNP兒童研究基金會的首席科學官發去了郵件:“低劑量的氯胺酮看起來能上調ADNP的表達,你覺得它適合給ADNP患者使用嗎?”后者馬上把這個消息與基金會進行了分享。2019年5月,紐約西奈山的自閉癥研究和治療中心開始一項臨床試驗,在ADNP綜合征兒童中檢驗氯胺酮的安全性,馬特奧也是幸運入組的10名兒童之一。
接受治療后,馬特奧的母親很快觀察到了兒子身上的變化。她說她第一次覺得自己可以做一名正常的母親。在接受治療后的一個周末,馬特奧第一次在母親的召喚下,坐在了她的身邊。即便是這樣簡單的事,對于馬特奧來說都是一個突破?!八^來坐在我的旁邊,我們一起就在那里躺了三四十分鐘。我百感交集?!薄?維多利亞說。在那一刻,他們終于可以享受在遲來的親子時光。
后記
除了馬特奧外,mediKanren還為其它罕見病患者帶來了幫助:一名男孩總是出現劇烈胸痛和頭痛,醫生推斷這是因為腦脊液緩慢泄露,造成了顱內壓變化。而AI系統認為根源在于咖啡因,因為它能增加腦脊液生成;還有一名女士,飽受嘔吐感折磨長達近20年。馬特的團隊分析指出,鼻腔吸入異丙醇可以帶來幫助。這一簡單舉措讓她的生活質量有了飛躍。
但這些進展都沒幫助到小伯特蘭。從10歲開始,他的發育遲緩情況愈發嚴重,健康狀況也一直不穩定。去年十月,因為一次嚴重的感染性休克,小伯特蘭永遠離開了這個世界。
馬特并不把愛子的離去當作失敗?!拔覀儚乃砩习l現的NGLY1基因突變非常有意義。”馬特說道。小伯特蘭的基因突變讓他們首次確定了一種全新的神經退行性疾病?,F在,他們找到了另外70個飽受這種疾病折磨的家庭,并正在為他們開發新藥。
小伯特蘭去世的前一天,馬特收到了一封郵件。郵件上說FDA對NGLY1基因療法的臨床前研究很滿意,并列舉了下一步臨床試驗的步驟。
“他從一個充滿治愈希望的世界中離開了。”馬特說道。
參考資料:
[1] How an AI expert took on his toughest project ever: writing code to save his son’s life。 Retrieved Sep 29, 2021 from https://www.statnews.com/2019/07/25/ai-expert-writing-code-save-son/
[2] A boy’s passing came too soon, but not before his life led to crucial medical discoveries。 Retrieved Sep 29, 2021 from https://www.statnews.com/2020/11/03/bertrand-might-matt-might-ngly1/
[3 ]White house highlights university of utah-led project to help patients with rare, untreatable diseases at precision medicine summit。 Retrieved Sep 29, 2021 from https://unews.utah.edu/white-house-highlights-university-of-utah-led-project-to-help-patients-with-rare-untreatable-diseases-at-precision-medicine-summit/
[4] With a nudge from AI, ketamine emerges as a potential rare disease treatment。 Retrieved August 10, 2021, from https://www.statnews.com/2021/08/05/artificial-intelligence-rare-disease-andp-medikanren/?utm_source=STAT+Newsletters&utm_campaign=cc795accec-health_tech_COPY_01&utm_medium=email&utm_term=0_8cab1d7961-cc795accec-153565982
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