李軍鵬認為，大部制方案堅持全面、統一、精干、效能的原則，初步解決了政府部門分工過細、職責交叉的問題，按照市場經濟的要求重新綜合設置政府部門，進一步優化了政府部門結構。例如，將藥監總局并入衛生部，實行“大衛生”管理，加強對衛生事務的集中統一管理，可以更有效地保障普通公民對藥品食品、公共衛生產品和服務的需求。

　　北京大學憲法學教授張千帆認為，迄今為止，中國行政體制的最大問題就是公共性缺位——不僅是公開性、透明度和公眾參與不夠，而且整個的行政職能和結構都基本上是行政自我決定的，人大作為民意代表機構的作用很有限。不改變這種制度格局，恐怕機構調整幅度再大也難以讓社會滿意。在進行行政體制改革時，一定要讓政府聽聽社會需要它做哪些事情——不論是環保、礦難、福利還是教育，也讓大家看看目前的行政體制處理這些事情面臨哪些問題、遭遇什么困難，然后再來決定如何設計各個部門。否則，可能會陷入部門改革及設置與社會公眾需求相脫節的誤區。

　　商務部研究院研究員馬宇則表露了他對我國推行“大部制”所面臨制約因素的擔憂：首先，“大部制”需要適宜的大環境。一般理解，“大部”應該不是要擴大某些部門的權力，而是要解決職能交叉問題，提高行政效率。但目前情況下，把一項職能全歸于一個部門可能危險性更大。比如食品安全問題。其次，“大部制”更需要良好的制度環境，我們的這個環境也還有待改善。國際上實行“大部制”的基礎是服務。一是這個“大部”是服務型的，所以它才能那么大，大得有道理，大得老百姓愿意而且高興。二是這個“大部”并非權力大得沒邊，恰恰相反，那些“大部”跟我國的這些“小部”相比，在權力上都要自嘆弗如。因為那些“大部”都是執行機構，而非決策機構。三是國際上“大部制”的人員管理都是雇傭制而非任命制。由此可知，中國式“大部制”改革并不能完全避免“南橘北枳”的宿命。

　　全國政協委員、國家電監會原副主席邵秉仁認為，此次大部制改革只是初步探索，今后還需深化，在條件成熟時，應融合職能，設立大能源部；鐵道部也應盡快推動政企分開的改革，以便早日并入交通運輸部，從而建立真正的大交通部。

　　中國人民大學行政管理學系教授毛壽龍建議，大部門體制改革可分兩個階段進行，2008年小范圍試點，總結經驗教訓；然后在事業單位改革逐步推進的基礎上，推進公共服務領域的機構改革。到2013年，在鞏固以往改革成果的基礎上，進一步進行政治、職能和組織層面的改革。

　　如何端掉那些“難啃”的“骨頭”，順利實施大部制改革方案？

　　實行大部制后，會否造成更大更集中更壟斷的部門權力和利益？誰來監督大部？尤其是有無體制外力量制衡？

　　大部制改革與政治體制改革(黨內民主進程、人大政協制度的完善)如何銜接、互動？

　　大部制改革中如何處理人員分流、權力和職能整合等復雜的技術性難題？如何順利地實施大部制改革方案？

　　當記者詢及對大部制改革的這些隱憂時，全國政協委員、中國(海南)發展改革研究院執行院長遲福林回答，要防止這些可能出現的問題，必須切實轉變政府理念，進行執政理念創新；必須使決策、執行、監督的部門和職能嚴格分開，以防止聚集部門壟斷利益；必須使大部制改革與整個干部人事制度相配套；必須使大部制改革與法治進程相配套。