此次AlphaFold3的模型是DeepMind和AI制藥公司Isomorphic Labs共同開發的，這項研究已發表在《自然》雜志上。但其不公開底層代碼、僅提供受限訪問的舉措，引發了科學界的廣泛批評。截至5月14日，已有超過650名研究人員聯名簽署公開信，表示對論文不提供代碼感到失望，并批評期刊違背了其關于代碼可用性的規定。
自AlphaFold 2于2020年發布以來，科學家們已經廣泛使用這一工具預測了各種蛋白質結構、發現了藥物以及繪制了多種已知蛋白質。
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