組織者們歡迎這樣的討論，其中一位坦承，“如果讓西方學者投票，這次提名的11項理論也許他們一票都不投�！彼�披露，在提出設立獎項時，他們內部關于這一問題也有過“熱烈的”爭論，由于提名完全開放，是不是創新理論、可不可以獲獎，并非由他們判斷，他們所做的只是提供一個評審平臺，保證程序的合法性，最終的結果是大家投票決定的。

　　不同的聲音反映了一個深刻的分歧。這個分歧在2005年-2007年的第三 次改革爭論中，甚至以“中國有真正的經濟學家嗎”這樣直白的方式表達出來。

　　價格雙軌制理論的提出者之一華生，是董輔礽教授的第一個博士生，也是這個獎項的倡導者和投票人(為保證公平，在他的理論入選后，他在最后一輪放棄了投票)，他認為，投票的結果反映了中國經濟學本身發展的過程，30年里，中國從一個完全封閉的社會走向開放，最初的時候，純理論化的程度不高，也不可能高——非常精細的模型化理論可能并不適合當時中國社會的需求，“人永遠不能超越他所處的時代”。

　　而且，什么是理論？沒有絕對的標準。關鍵是是否有創新。即使在西方，有影響力的理論學說也是要由現實檢驗。包產到戶如果只是分田單干，中國幾千年前就有，并不是創新。但在當時，這一理論是對農民權利的解放，農民因此有了選擇的自由，也才有了鄉鎮企業，有了城市改革的可能，它的后發性制度連鎖變遷意義重大，歷史已證明它的價值。看似簡單的東西并非意味著不深刻。

　　楊瑞龍承認，入選的理論是對中國改革實踐的一種理論抽象和總結，也許用西方流行的經濟學分析范式來衡量有些不太規范，因為它并非是一個純粹的學術討論，也沒有復雜的數學模型，但卻解決了中國改革與發展中的重大問題，并且對未來的改革與發展具有理論指導意義�！拔覀儾环穸�純粹經濟學研究的學術價值，也不否定用此標準所進行的經濟學評獎，為此需要推動經濟學研究的國際化進程。但我們此次評獎所追求是經濟學研究對中國改革與發展實踐的推動作用，我們更看重的是研究成果的應用價值。這就像不能用咸味的標準來評價甜味一樣，兩種不同的評獎標準都會對我國經濟學的研究起到有意義的推動作用。”

　　劉迎秋則說，“農村家庭聯產承包責任制理論在西方經濟學的范式里沒有，如果有，那這就不僅是西方經濟學的悲哀，很可能也是人類的悲哀。恰恰相反，也許正是因為在西方經濟學范式和理論體系中根本沒有，大家才不約而同地認定這是一個真正的理論創新�！碑斎唬�這一理論創新并非僅僅是由兩個調研報告組成的。實際上，它是對農民自發實踐的系統而科學的總結，在理論上開創性地解決了公有制與和私私人績效及其激勵的結合問題。這一理論的提出和應用，不僅使中國解決了糧食短缺問題、溫飽問題，而且為此后的更深層的改革和開放開辟了新的可能。這就是創新�！爸袊�改革的每一項成功都是突破傳統范式的成功實踐。我們不能用邏輯套用現實，而只能應該用現實改造邏輯。建立在實踐基礎上的理論邏輯及其的發展比傳統的理論終極范式和陳舊邏輯更重要�！�

　　沈曉冰在他的文章里給出了自己的解釋，“經濟學固然需要一種嚴謹、規范的體系，需要完美的邏輯結構甚至數學一樣漂亮的模型，但經濟學的最根本目的，還是要促進社會經濟的進步和發展，為人的完善服務……從科學性和成熟度來看，中國的經濟學或許在西方經濟學者看來是難以理解和認同的。但中國的經濟學家，以中國社會和中國人所能理解的語言，履行著經濟學的目的和使命。”