2006年，新疆自治區審計廳組織伊犁、塔城、阿勒泰、哈密、阿克蘇、喀什、和田、克州8 地州審計機關，采取上審下和同級審等方式，對全區30個貧困縣2005年度扶貧開發項目實施及專項資金管理使用情況進行了審計或審計調查，審計結果于今年元月份進行了公告并向自治區人民政府提交了專題報告。自治區人民政府及扶貧資金分配管理相關部門對審計查出的問題十分重視，自治區政府副主席錢智同志要求自治區相關部門聯合下發緊急通知，對審計報告所反映的問題，提出具體的整改要求，爭取這些問題今后不再發生。自治區扶貧辦、發改委、財政廳等扶貧資金分配管理部門認真采納審計建議，加強對各地（州）、縣（市）整改工作的督辦力度，整改行動快、力度大、效果好。一是主動溝通聽取意見，共同研究整改工作。自治區扶貧辦領導召集扶貧辦、發改委、財政廳相關處室負責人，先后兩次主動與自治區審計廳領導及農業與資源環保審計處溝通，聽取意見，針對審計發現的問題，從體制、制度等方面分析原因，研究制定整改措施，并及時向自治區政府副主席錢智作了匯報。二是加大了對各地（州）整改工作的督辦力度。自治區扶貧辦、發改委、財政廳先后分別在本系統下發通知，要求各地（州）、縣（市）對審計發現的問題，要認真核實，查明原因，明確責任，及時進行處理，并有針對性地制訂落實整改措施，逐項進行整改，要求這些問題今后不再發生，同時要避免產生新的問題。截止目前，各地（州）、縣（市）對審計報告、審計決定及審計建議中提出的問題和建議，基本上已完成整改工作。三是進一步建立完善了相關制度與獎罰機制。自治區發改委針對以工代賑項目實施和資金管理方面存在的問題，專門制定下發了《新疆維吾爾自治區以工代賑管理辦法》（暫行）、《新疆維吾爾自治區以工代賑勞務報酬管理辦法》（暫行），對以工代賑項目計劃管理、項目管理、資金管理、組織管理、監督檢查及勞務報酬的發放等作了具體明確的規定。自治區扶貧辦和發改委在2007年度扶貧項目資金安排中，對審計結果報告反映存在問題較多的地（州）、縣（市）酌情調減了計劃安排資金規模。自治區扶貧辦還從自治區扶貧資金中拿出1，000萬元，對全區10個管理比較規范的縣（市）給予獎勵。四是加強對地、縣兩級扶貧項目及資金管理相關部門人員的培訓。擬定在今年適當時機由自治區扶貧辦牽頭，發改委、財政廳、審計廳協助，舉辦一期有8個地州及30個貧困縣扶貧、計委、財政、審計4部門人員參加的“扶貧項目資金管理及審計監督業務培訓班”，加強各部門溝通交流，提高各級各部門人員的政策水平和業務能力，以便進一步做好扶貧開發項目實施及資金管理工作。