1996年頒布實施的煤炭法，按照當時的機構設置模式，對煤炭企業制定了多項具體監管制度，經過多個部門依次許可才能進行生產。工商行政管理機關以確認經營主體資格為目的，核發“營業執照”；地質礦產主管部門以資源管理為目的，核發“采礦許可證”；煤炭工業部門以安全生產管理為目的，核發“煤炭生產許可證”和“礦長資格證”，審查的內容是涉及生產安全的有關事項。煤炭部撤銷后，“煤炭生產許可證”和“礦長資格證”被轉移到經貿委，后又轉移到發改委(地方保留煤炭工業局的仍在該局)。

　　2003年國務院成立了安全生產監督管理局，把煤礦安全生產監察職責劃轉到該局；隨后制定頒布了《安全生產許可證條例》，建立了安全生產許可證制度，對包括煤礦企業在內的所有礦山企業審批頒發“礦山企業安全生產許可證”和“礦長安全生產資格證”，其審批條件、作用與煤炭法建立的許可證制度一樣，在煤炭行業便形成了重復許可、多證并存，兩個部門都對安全生產負有監管責任的局面。在這種情況下，發生事故后就難以追究具體部門和責任人的監管責任。長此以往，許可證制度也就成為一個形式，日常監管職責也就被放棄。

　　這又暴露出了立法制度的矛盾。既然把煤礦安全監察職能劃轉到了安監局，并且設立了相應的許可證制度，就應當提請修改煤炭法關于許可證的相關規定，確定安監局為監督責任主體，使立法和行政體制改革保持統一性；而不能簡單的通過制定行政法規的形式，再賦予安監局以許可權，造成責任主體不清的局面。不修訂許可證制度，不改變多部門監管的體制，使監管責任落到實處，面對為數眾多的煤礦企業，光靠李局長的怒斥，也仍然難以有效遏制礦難的發生。

　　從立法制度體系來正本清源

　　改革開放以來，為了完善社會主義市場經濟制度體系，立法機關不斷推出新的法律法規；為了使政府的職能定位與市場經濟體制相適應，也不斷通過改革行政管理體制來調整政府的職能定位，但對新舊制度之間的銜接問題沒有很好解決，對部門的職能沒有進行細致的評估，使得一些管理制度、部門職能存在相互重復、交叉管理等問題，削弱了制度應有的效力。

　　在食品生產管理上，同樣存在質檢機關與衛生機關重復許可的問題。按照《食品衛生法》的規定，衛生行政管理機關對從事食品生產經營的企業要頒發衛生許可證，其許可條件是企業的生產設備、設施、工藝流程、消毒措施等要符合食品安全規范。而《工業產品生產許可證條例》又規定，質檢機關要對食品生產企業頒發生產許可證，其許可條件同樣是上述內容，顯然又形成了重復許可。這將給兩個機關推卸監管責任留下了制度空間，必然會降低監管的力度。類似問題，在其他領域也都不同程度存在。

　　從上述情況可以看出，許可證制度之間的矛盾，與立法制度有著密切的聯系，是不同立法機關之間協調不夠造成的。法律法規設立行政許可制度，不能只是在文字表述上、形式上不重復，而要在本質內容上避免重復和矛盾，提高許可制度的科學性、有效性，防止重復的許可制度相互削弱效力。