1998年第四次機構改革可以說是1993年改革的繼承和發展，裁撤了大多數專業經濟部，所有的工業部基本上都被降格為由國家經貿委管理的國家局，所屬的企業下放地方或劃歸經貿委。經過這次改革，部委的數量由40個大幅減少為29個。改革繼續深化，2001年，國家經貿委管理的9個國家局停止行政職能，轉制為10個行業協會，其中，1998年被合并在一起的物資和商業系統又被重新拆分，組成2個行業協會。

　　這些改革成果在2003年第五次機構改革中被進一步鞏固下來。這次改革的重大舉措是成立國資委，履行國有資產出資人的職責，取代經貿委對非金融業中央企業進行管理；同時從中國人民銀行中分出部分職能，成立銀監會，加強對金融業國有企業的管理。國資委是國務院直屬特設機構，銀監會是國務院直屬事業單位，它們都不是部委，職能轉變會更為容易，這樣的設置使政企分開的體制能夠進一步理順。這次改革，國務院部委數量只減少1個，由29個減為28個，但增加了1個特設機構，直屬機構也從1998年時的17個增為18個，直屬事業單位則由9個增為14個。雖然機構數量有所增加，但這次改革的意義重大，國資委的設立和經貿委的裁撤使政府與企業、市場的界限更加清晰，為進一步的機構改革奠定了基礎，而國務院的非部委機構靈活調整，則使政府職能能夠更好地適應經濟形勢的變化。

　　這次改革備受關注的還有，計劃委員會更名為發展和改革委員會，并且將原來經濟體制改革辦公室的職能劃入，揭示了機構改革要順應計劃經濟向市場經濟轉變的整體改革形勢。

　　最近公布的2008年機構改革方案，將環保總局升格為環境保護部；同時將人事部與勞動和社會保障部合并為人力資源和社會保障部；國防科工委的部分職能與信息產業部合并為工業和信息化部；民航總局降格為國家民用航空局，與交通部合并為交通運輸部；國家食品藥品監督管理局由直屬機構降格為衛生部的職能局，改革之后，部委數量減少1個，直屬機構減少3個。這次機構改革的成果，還需要通過其他配套改革加以鞏固。(歐陽覓劍)