大部門的組織形式問題。大部門設立之后，部委的內部組織形式將發生很大變化，在現有的以部-司-處為主要層級形式的模式之外，可能出現部-管理局-處、部-執行局等層級形式，這就需要正確處理決策與執行之間的關系。

　　大部門的協調機制問題。大部門之中，原來由獨立部門合并進來的內部管理局或執行局將保持一定的相對獨立性，在這些相對獨立的管理局或執行局之間，如何建立起協調和內部溝通的機制，也是一個非常現實的問題。

　　大部門的領導層級問題。大部制下，管理幅度變大，原有的行政首長-分管領導-司長-處長的管理層級在大部門體制下顯得鏈條過長，需要平衡管理幅度與管理層次之間的關系。

　　大部門的決策機制問題。大部制下，專家、公眾、相關利益群體參與行政決策的途徑如何保持暢通，需要認真解決。

　　大部門的管理機制問題。大部制下，部長如何對下轄的具有相對獨立職能的機構實施有效管理，需要認真研究解決。

　　大部門的監督機制問題。大部制下，部門職能領域變大，權力與職責相應增多，如何對部門實施有效監督，也是一個難點。

　　以推行大部制著手，布局行政管理體制改革

　　大部制改革所涉及到的各種復雜問題，只有根據行政管理體制改革的總體要求，才能得到解決。因而，建議從推行大部制著眼，系統推進行政改革，最終建立符合服務型政府、責任政府和法治政府要求的政府部門體制。建議重點抓好如下改革：

　　建議推進大部制下的內部協調機制建設。可在部長負責制與部長辦公會議制度的基礎上，建立類似于理事會制的協調機制，由部長、決策司負責人、管理局與執行局負責人共同組成大部門的議事協調中樞。

　　建議推進大部制下的決策制度改革。可借鑒當代市場經濟發達國家的現代政府決策制度的形式，完善政府決策咨詢委員會制度和決策審議會制度。在大部門中設立決策審議會制度，審議會委員由專家、社會公眾和相關利益群體成員組成。大部制中的重要決策領域，要實行委員會制。

　　建議推進大部制下的執行制度改革。大部制下，部長對相對獨立的管理局或執行局的管理，要建立在設定績效指標、確定預算規模、簽訂服務合同的基礎之上，以績效要求、服務要求作為大部制管理的基礎。在這方面，審計署對下屬特派辦領導班子和領導干部進行績效評估的經驗值得借鑒。

　　建議推進大部制下的監督機制改革。大部制下的部長應明確實行部長責任制，部長應對部門各機構、各公務員的政策、行為及其后果向人大、政府承擔政治責任、行政責任。全面推行以行政首長為重點的行政問責制，就是大部制改革的重要配套改革。

　　建議推進大部制下的服務機制改革。在大部制下，所有的行政審批事項、行政服務事項，都應采取“一站式”辦公的方式，集中辦理，并實行電子系統監察。在這方面，農業部成立行政審批綜合辦公室，把原來分散在有關司局和部屬事業單位的各項行政許可事項集中起來，統一辦理的經驗值得借鑒。

　　建議加快推進大部制下的政府職能轉變。針對目前政府職能存在越位、錯位的現狀，在推行大部制改革的同時，對一些越位、錯位行使職能的政府機構或相應內設機構必須撤銷或弱化。如有的綜合管理部門的宏觀管理職能和微觀管理職能都很重，既管宏觀、又管微觀，且對微觀管理興趣濃厚，熱衷于批錢批項目；針對這種情況，就要撤銷綜合管理部門中具體履行微觀審批職能的相應機構。適應完善社會主義市場經濟體制對政府機構改革的根本要求，對一些政企不分現象突出的部門(如煙草專賣、鐵道、廣電等)，也要在大部制改革的過程中，一并實行政企分開。

　　建議推進大部制下的政府組織法治化進程。要在大部制改革的基礎上，盡快制定頒布機構組織法規。在大部制改革的基礎上，逐步建立與完善國務院部門組織法，將組成部門的職責權限等在部門組織法中規定下來，從而實現政府職責、機構和編制的法定化與法制化。

　　建議統籌推進大部制下的事業單位改革與社會組織改革。要堅持配套改革，理順政府與事業單位、社會中介組織的關系。