到了1996年，一個重要的改革措施即是重新確立了國防軍工的融資渠道，改變過去主要依靠國家投入的融資模式，進行多渠道融資方式。如，過去主要是國家安排指令性貸款計劃，現在更多的是企業和銀行間的商業行為；二是發行股票、債券，包括企業內部職工入股籌資、公開發行債券等。

　　這個階段內，國防工業體系內，民品的產值再次占國防科技工業總產值升到1997年的80%。

　　在此之前的國防科工委還不屬于國務院政府組成部門序列，隸屬于軍隊系統，直到1998年，在九屆全國人大上，國防科工委才正式歸入國務院政府系統。

　　新國防科工委主要是對軍工企業實施政府管制職能，并使企業享有自主權(老國防科工委在很大程度上干預企業行為)。這種改革的目標是使軍工企業將精力集中于與武器制造、成本控制和贏利能力相關的業務決策。

　　1999年7月，中央決定把原核工業部、航空工業部、航天工業部、兵器工業部五大核心軍工企業各分為兩家集團公司，2002年底又成立了一家國防電子工業集團公司，即形成了如今的十一大軍工集團的格局。

　　這些結構重組主要有兩方面目標。其中較明顯的目標是為軍工部門引入競爭機制。“領導層希望企業競爭能提高效率，減輕對中央和地方政府的財政壓力，提高自主創新和引進吸收新技術的能力”。石金武介紹說，這是1999年改革的初衷，“每家總公司被劃分為兩家能力基本相當的集團公司，預計通過適當競爭，各企業都能提高效率和轉變管理機制。”