據九鐵剛發表的2006年報顯示，去年營業額上升4.4%至56.22億元，惟溢利下跌12%至2.78億元，創11年來新低，主要受到未變現賬目虧損所影響。

　　業績雖跌，但九鐵管理層仍獲加薪，曾聯署挺前署理行政總裁黎文熹的5名高層的實收薪酬總額，加幅介乎2.2%至6.6%不等，兵變失敗離職的黎文熹原來獲贈110萬元“分手費”；有立法會議員批評，九鐵高層接連犯錯仍獲加薪不合理，要求提高評核薪酬水平的透明度。

　　客量方面，九鐵去年載客量增3.7%至5.74億人次，在專營交通工具市占率為16.4%，其中，馬鐵客量按年升近18%，西鐵客量每天為20萬人次，較規劃時預測每天可接載乘客34萬人次仍有距離，但較去年增長11%。