新中國60年間，伴隨著經濟管理體系的變革和改革開放的發展，我國化肥市場也經歷了“計劃－雙軌制－市場化”的變化，這一轉變，促進了化肥工業的發展，滿足了農業生產的需求。

　　1、完全計劃管理階段。從1950年到上世紀80年代初期的這30多年間，我國初步形成了按計劃分配的化肥流通體系框架，即在同一計劃下，國家管理大型化肥廠產品的收購、分配、價格；省區市管理轄區內中型化肥廠產品收購、分配及中央管理化肥產品的價格；地縣管理地縣內小型化肥廠產品收購、分配和價格。

　　2、計劃與市場管理相結合階段。從上世紀80年代初期到1998年，化肥流通體系嘗試了各種突破。先后經歷了“雙軌制”(1983—1988年)和化肥專營體制(1988—1998年)兩個階段。1985年初，《國務院轉批國家物價局關于價格改革出臺情況及穩定物價措施報告的通知》的出臺，使化肥流通計劃內價格由國家統一定價，計劃外由市場調節。1989年12月，《國務院關于完善化肥、農業、農膜專營辦法的通知》標志著化肥銷售主體“一主兩輔”制的形成，確立了以中國農業生產資料公司和各級供銷社的農業生產資料經營單位為主渠道、縣以下農業三站和生產企業為輔渠道的化肥專營體制。

　　3、市場資源配置的階段。從1998年至今，化肥流通體系以市場化為基礎逐步完善和發展，并經受了WTO過渡期的考驗。1998年11月，國務院出臺了《關于深化化肥流通體制改革的通知》，標志著我國化肥流通體制由計劃經濟體制向社會主義市場經濟體制根本轉變和重大轉折。其中，取消了國產化肥指令性生產計劃和統配收購計劃，由化肥生產和經營企業自主進行購銷活動。同時，打破了“一主兩輔”的經營格局。