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“十一五”期間，我國將全面進入“以工促農、以城帶鄉”發展階段，在環境保護上消除城鄉差距、保障基本的環境公平成為建設和諧社會的重要內容。為此，中央正在大力調整國民收入分配格局，切實轉變財政分配、資源配置向城市傾斜的政策，在發達地區這種轉變將更快。這個新形勢為統籌解決農村環境問題提供了難得的機遇。
根據國際經驗和我國浙江等地區進行農村環境綜合整治的經驗，“十一五”期間應
該充分引入市場機制，采取“點上治理、面上規劃”的農村環境治理戰略。這具體體現為以下四方面的對策：
1、 重視農村環境保護基本制度和基礎體系建設。
基本制度包括有關法規、標準、管理制度及其支撐體系。
除了最新制定的《固體廢物污染環境防治法》中專門提到了農村環境問題，其余有關法規均沒有針對性強的條文，這個缺陷應在法規修訂中彌補，以促進有關政府部門加強這方面工作和為基層職能部門提供法律依據。在修法前有些地區還可以根據“地方立法適度超前”的原則先行出臺針對性強的地方性法規。另外，我國已頒發《基本農田保護條例》、《農業生態建設技術規范》等法規，但尚未見到一個對生態農業的總體目標、發展規劃、保障機制有完備規定的綱領性文件。政府對各地農業生態建設也缺少嚴格的要求和有力的約束。必須抓緊制訂《全國農業生態環境保護條例》，并制訂和完善無公害農產品及農藥、化肥使用規程等相關標準、規定。以規范農藥、化肥的使用，推廣符合生態要求的施肥和施藥技術。
在管理制度建設中，應抓好三個重點：一是制度推行，二是機構和能力建設，三是計劃和規劃制定。
首先是逐步推行建設前環境影響評價、“環保三同時”和排污收費等環境管理制度。推行環境目標責任制度要真正做到縣長、鄉長等行政一把手對管轄范圍內的環境質量負責，鄉鎮企業法人對本企業影響范圍內的環境質量負責。并將“環保三同時”制度應用于新村建設、農村生活垃圾和污水收集處理系統建設等；
其次是加強環境保護的機構和能力建設，完善農村環境管理基礎體系建設。省、地環境保護部門應專人專職負責農村生態環境保護工作；鄉鎮和村一級配備專兼職環境管理干部。各大中城市的環境保護部門也應在抓好市區環境綜合整治和工業污染防治的同時，切實加強城郊結合部及郊區的生態環境保護，逐步實現城鄉環境保護監督管理一體化。
第三是將農村環境保護體現在國家和地方的有關計劃和規劃中，制定國家“十一五”農村環境保護專項規劃。在地方規劃中應堅持經濟建設、城鄉建設和環境建設同步規劃、同步實施、同步發展。縣域環境保護規劃的重點內容應是環境功能區劃和環境保護控制性規劃，有條件的應編制縣域環境容量規劃。通過編制小城鎮和新農村建設規劃、工業園和畜牧園區規劃，逐步實現人居環境和生產環境的分離。對集約化畜禽養殖業的發展進行合理規劃，便于降低污染危害和發揮綜合利用設施的規模效益。
2、 推行農村環境管理和污染治理
的“自上而下”的籌資機制和“自下而上”的決策機制。
與城市不同，農村環境管理和污染治理既缺乏財政來源，也缺乏籌資對象。因此，應全面貫徹“以城帶鄉、以工促農”政策，推行農村環境管理和污染治理的“自上而下”的籌資機制：加大財政資金的專項轉移支付力度，明確解決農村環境問題的資金渠道和部門責任，使農村的環境管理體系建設和聚居點的污染治理基礎設施建設有明確的資金來源；同時，應加大排污費資金用于農村環境污染治理的比例，以體現對受害者的補償。
“開源”之外，必須采取有力的“節流”措施，即要有針對性地解決部門分割、重復建設以及“自上而下”決策等問題。對于農村面源污染這樣涉及面廣的污染，應將治理資金集中到一個部門統一調配；對于農村聚居點的公共服務資金使用方式和方法，應逐步建立農民自主決策機制。
3、 多方配合扶持建立鄉鎮企業和農
村聚居點污染治理的市場化機制，鼓勵發展生態農業。
從財政、稅收、信貸、價格等渠道制定優惠政策，多方配合建立鄉鎮企業的進園機制，以利污染集中治理。例如浙江省變“誰污染誰治理”為“誰治理誰收費”，在污染企業集中到特色工業園區后，由具有環保設施運營資質的專業公司負責集中治理，從而解決了中小企業污染治理設施技術落后、“不經濟”的難題，監管也變得容易。
條件合適（包括人口規模、經濟發展水平等）的地方，模仿城市建立農村聚居點污染治理特許經營制度。
應充分認識生態農業的公益性，在稅收、銀行貸款和產品標識等方面制定更優惠的專項扶持政策，以降低生態農業改造過程中的生產成本，提高生態農業產品的經濟效益。
4、 在工農業生產中大力倡導循環經濟發展模式，注意技術路線創新。
解決面源污染問題主要應該依靠發展生態農業，我國的傳統和常規農業技術必須進行全面生態化改造。
首先，應充分考慮農村區域特點，推廣平衡施肥、精量施肥技術和生態防治技術，從源頭上控制化肥和農藥的大量施用；結合節水灌溉技術，積極推行水、肥料、農藥綜合管理技術，提高農業水、肥利用效率；通過在農田與水體之間設置生態功能區消納污染；從經濟手段上采取某些措施，對農用化肥、殺蟲劑征稅，以鼓勵納稅人減少那些對環境有損害的工序或活動，還可以引導產業轉型。
其次，應用循環經濟理念做到產業間協調發展和產業內部的高效、清潔生產。例如，促進集約化畜禽養殖和生態農業的“種養平衡區域一體化”發展，可以既實現對已有污染物的綜合利用，也避免化肥、農藥可能造成的污染；促進鄉鎮企業進園（工業園），就可以發展規模較大的企業對園區內的工業污染物進行綜合利用。
對于農村聚居點，由于規模限制和資金不足，一味地采用城市污水的處理體系顯然是不現實的，必須針對農村地區的資源與環境條件，開發推廣切實可行、因地制宜的較低成本的污水處理技術。根據南方和北方水資源量的差異、經濟發展的不同程度、以及不同的水環境狀況，結合農村地區居住分散和相對集中（小城鎮）的特點，采用不同的工程措施和非工程措施來加強農村地區的水環境保護與治理。例如用人工濕地的方法來治理污水。
在解決以上問題時，應該注意兩個特點：
一是強調按“以人為本”要求做好重點工作。借鑒韓國等經驗，將“生產發展、生活富裕、生態良好”目標涉及的問題統籌解決。例如將道路硬化、照明路燈、給排水、綠化、娛樂小區配套、標準廁所、集約化養殖場、自來水、液化氣等工程配套施行。重點應該放在“改水、改廁、改路”三改和農村生活垃圾收集系統建設、農民生活污水集中處理上。這些工作事關農村聚居點的人居環境，必須優先解決。
二是強調按必要性與可能性相結合的要求做好重點地區的工作。在解決以上問題時，要強調在“十一五”期間優先解決發達地區特有重點問題。這是因為發達地區人口稠密、工農業污染問題更突出，并與城鎮建設、衛生等問題交織，解決污染問題是當務之急；與其環境問題解決壓力大并存的是其財力充足、民意統一，即其可能的治理能力較強。因此，發達地區在近期開始大規模解決其農村環境問題既有需要也有可能。
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