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2004年，我省全年共辦理出口退(免)稅55.2億元，是上年的2.9倍。省商務廳的一份調研報告稱，雖然去年出口退稅工作取得了成效，但四個不容忽視的問題仍在困擾著我省出口退稅工作。
超基數地方負擔部分不能及時到位。我省退稅機制改革后實行層層分級負擔，收入分享、退稅負擔和退稅基數相統一的原則。省里將出口退稅基數分配到各省轄市，省轄市又將
基數分配至所轄市(縣、區)，部分市(縣、區)甚至分配至鄉。由于縣、鄉財政薄弱，造成退稅地方負擔資金難以落實。
出口退稅基數“動態管理”落實不夠。我省各市出口退稅基數按照各市2000年－2003年四年應退稅數占全省應退稅額的比重來核定，各市也比照此辦法將基數分配至所屬各縣(區)。由于各縣區外向型經濟發展程度、出口規模、出口增長速度和出口發展現狀不同，出口退稅基數也很難均衡分配，區縣一旦退稅基數不足，市與市之間、區縣之間難以調劑，并導致部分縣區在市里基數未用完的情況下本縣區已超基數，轄區內企業退稅發生困難，個別地方甚至讓企業減少出口或不出口，造成部分企業在省外設立公司轉移出口能力。
部分地方政府沒有充分認識出口對增加就業、稅收、帶動經濟增長的作用。我省出口企業多數規模小且貨源多數在外地，出口環節又免繳增值稅，難為當地創造較多的增值稅收入，因此財政部門在綜合平衡支出時，勢必會向對增加當地財政收入貢獻較大的企業傾斜，對出口退稅資金的支出產生一定影響。
對跨地區貨源的出口實行限制。因為跨地區貨源出口在轄區內，而增值稅在產地繳納，有的縣市對此類出口予以限制，形成新的市場封鎖，不利于全省乃至全國統一大市場的形成。（信息來源：河南商務之窗地方商務之窗）
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