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日本綜合商社的經營戰略具有較強時代特色，始終隨著經濟發展需要而不斷調整擴充。近年來，日本綜合商社順應全球化發展及日本經濟結構改革的需要，重點拓展新商業領域、強化資本運作和經營風險管理，完成了經營戰略的又一次轉型。
經營戰略變化的時代背景
日本國內環境已經發生變化，社會日趨老齡化，人口下降，商品市場出現飽和，消費需求呈多樣化。貿易結構呈現出口減少，進口擴大，貿易順差下降的局面。為推動經濟復蘇，日本政府推進金融體系改革，加速處理不良債權。
與此同時，國際環境也出現了一系列新的因素，全球貿易投資自由化和IT化進程加快，產業領域加速普及全球標準化，發展中國家尤其是中國經濟急速成長。同時，恐怖主義威脅全球穩定和經濟發展，原油價格上漲等負面因素對企業經營帶來的風險加劇。
國內和國際環境的變化決定了日本綜合商社的經營戰略必然進行相應的調整。
核心功能定位于國際化經營
圍繞國際化經營的方向，綜合商社強化了信息、服務等非價格競爭力。一是運用IT技術構筑電子商務平臺，形成遍布全球的原材料采購及商品銷售體系，并提供與之配套的物流（運輸、通關、加工、庫存）、金融（融資、資金運用、決算、外匯）、保險（海上運輸、進出口、火災）以及法律服務。
二是強化廣域信息的收集分析功能，在日常商業經營活動中加以充分利用。綜合商社在強化收集及分析世界各國各地區政經信息、產業及企業信息、高科技信息、市場及營銷信息、法律及稅務信息的基礎上，制訂科學的經營戰略和發展規劃，推動商品和服務貿易，提升信息的高附加值化和速度化。
三是深化全球市場的開發。各大綜合商社的戰略發展方向是：投資于國內外具有發展潛力的產業、在全球市場收集信息、采購原材料、銷售成品、安排物流運輸、培養綜合型人才、提高經營業績、強化集團經營。各大商社明顯加強開拓新市場、介紹新技術、發掘新客商、開發新商品及其銷售渠道的力度。
經營方向趨于高附加值化和綜合化
日本綜合商社的經營重點一是開拓物流領域，打造供應鏈（SCM），壓縮成本，提高經營效益。各大綜合商社著手構筑高效物流信息系統，參與倉庫、流通中心等物流設施的運營。其中，在中國及亞洲地區開展國際多式聯運成為其重點開拓領域。
二是深化和擴大本集團的金融機能，發揮“孵化器資金”作用，擴大輻射和協作功能，鞏固發展后勁。隨著經濟環境的變化，綜合商社推出了不同于金融機構的金融服務，如提供墊款授信、債務保證、融資、商品資金、租賃服務等，通過提供風險資金、收購兼并等形式，幫助中小高科技企業發展。
三是綜合運用各項機能，打造以商社為核心的價值鏈，推動大型成套設備出口。鑒于中國等發展中國家經濟高速增長，各大商社表示將綜合運用信息、外匯、資金、保險等機能，加強與政府、生產企業、科研機構及海外客商的合作，以BOT、BOO等方式重點推動在發展中國家建設大型發電廠等項目，帶動大型成套設備出口。
四是開始涉足高科技研發工作，從源頭控制技術貿易商機，樹立品牌，推動科研成果和制造技術專業化和商品化。近年來，日本經濟向“知識商務時代”轉型，“創造高新技術領域市場”成為發展方向，各大商社相繼涉足納米技術、生物技術、新能源、環保、IT領域新技術的研發。如三井物產成立了生物研究所、三菱商事開發自有品牌的碳精棒納米軟管、伊藤忠商事與JSAT、NTT數據等公司合作開發勘探礦產資源、農地土壤改良和災害調查用地球探測衛星等。
集中經營資源確定經營重點
近期綜合商社的經營重點呈現加強“兩端業務”特色。一是加強石油、天然氣、煤炭、金屬礦產等上游資能源開發。綜合商社配合日本國家政策，積極參與全球能源資源的爭奪戰，著力開發能源資源，進而控制商機和國內外制造業生產的命脈。如三菱商事積極參與南美和澳大利亞鐵礦山開發，三井物產與英荷皇家殼牌公司繼共同開發薩哈林油氣田之后，又攜手在美德克薩斯州開發全球最大的風力發電站，進軍急速成長的英美清潔能源市場。
二是加強流通、銷售服務、咨詢等下游領域業務，削弱下游銷售商的強勢地位。作為中間商，綜合商社的生存空間遭受制造商與下游銷售商的擠壓，削弱了其把握消費者需求變化、為制造商提供市場信息的能力，對銷售商也毫無談判籌碼，只能被動地接受價格。為此，綜合商社相繼涉足超市、便利店、百貨店、名牌時裝專賣店等零售業務，進軍餐飲業，開拓網絡、電視、郵購銷售等無店鋪銷售業務，直接參與市場銷售，把握流通主導權。
推進經營資源的整合和重組
為應對激烈競爭、改善收益結構，日本商社不斷推進商社間相同營業部門的合作及大型合并重組，通過優劣互補和強強聯合。
目前，傳統的九大綜合商社僅余5家，日商巖井、日棉、兼松等綜合商社放棄綜合經營，走向合并與專業化。去年4月，日棉、日商巖井合并組成“雙日控股公司”。三井物產、住友商事等實行“選擇與集中”、“引進事業部制”的組織經營戰略，推進相同經營領域的重組整合。通過漸行漸深的整合，實現行業壟斷，增強了對外交涉力，各大綜合商社的財務狀況和經營效益大幅改善。
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