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根據國務院批準的《《全國社會保障基金理事會職能配置、部門、處(室)設置和人員編制規定》，理事會在借鑒國際養老金管理機構經驗的基礎上，設置了內部組織架構。
理事大會：由理事長、副理事長、理事組成，主要負責全國社保基金的重大戰略決策。理事長、副理事長由國務院任命，理事由國務院聘任。
理事長：理事會的法定代表人和最高負責人。
辦公廳主要職責：協調、處理機關日常事務，擬定機關規章制度；承擔文秘、檔案、機要、安全保密和人民來信來訪工作；負責機關財務、后勤行政管理工作；負責機關人事、外事工作；起草綜合性文稿，負責對外信息發布和新聞宣傳工作；承辦機關黨委的日常工作。
基金財務部主要職責：負責落實基金資金的收入；按照投資方案安排、調度與劃撥資金；負責基金會計核算，編制定期財務會計報告；監督、管理基金委托資產托管業務；安全保管基金資產。
投資部主要職責：提出基金資金投資運營策略建議，擬訂投資計劃和長期資產配置計劃；開展直接投資業務；承辦委托投資的有關工作，對委托資產運作情況進行監督和管理。
股權資產部主要職責：負責管理和運營基金股權資產，提出股權資產管理運營策略建議；辦理國有股權劃撥的有關事宜；根據全國社會保障基金理事會授權，對股權資產行使股東權益；組織實施股權資產的處置工作；負責股權資產委托運作的有關工作。
法規及監管部主要職責：負責對基金資產運作情況進行監督；擬訂風險管理辦法并實施風險監控；負責基金整體績效評估；承辦有關的法律事務；開展基金資產的內部稽核，對基金管理業務工作中的違紀違規行為進行調查。
信息研究部主要職責：擬訂全國社會保障基金理事會計算機信息系統發展規劃，負責系統的日常管理與維護，組織計算機軟件開發；開展與基金發展相關的宏觀性、綜合性研究工作；研究社會保障機制的相關問題；草擬基金中長期發展規劃。
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