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國家稅務總局設12個職能司(局、廳)：
(一)辦公廳 處理總局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、信訪、保密、保衛、調研、政務信息和新聞發布；制定機關內部規章制度；管理機關財務和房產等行政事務。
(二)政策法規司 負責稅政調查研究；組織起草稅收法律法規草案和實施細則；研究提出稅制改革建議；擬定稅收業務的規章制度；組織實施對稅收法規、規章執行情況的監督檢查；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰工作；辦理稅務行政訴訟和行政復議。
(三)流轉稅管理司 負責增值稅、消費稅、營業稅的征收管理工作，制定具體的征收管理辦法；起草有關法律法規草案；對有關法律法規在執行中的一般性問題進行解釋和處理；組織辦理有關稅收減免中的具體事項。
(四)所得稅管理司 負責企業所得稅和個人所得稅的征收管理工作，制定具體的征收管理辦法；起草有關法律法規草案；對有關法律、法規在執行中的一般性問題進行解釋和處理；組織辦理有關稅收減免中的具體事項。
(五)地方稅務司(農業稅征收管理局) 負責地方各稅的稅收業務管理，制定具體的征收管理辦法；起草有關法律法規草案；對有關法律、法規在執行中的一般性問題進行解釋和處理；指導地方稅收征管業務；負責農業稅、牧業稅、農林特產稅、耕地占用稅、契稅的征收管理；組織辦理農業稅特大災歉減免中的具體事項。
(六)國際稅務司(海洋石油稅務管理局) 參與起草有關法律法規草案；研究提出國際間反避稅措施；參加涉外稅收的國際談判，草簽和執行有關協議、協定；承辦與國際貨幣基金組織、世界銀行等國際機構及外國稅務機關的合作與交流業務，管理機關的外事工作；管理海洋石油稅收業務。
(七)進出口稅收管理司 提出制定進出口稅收管理政策、規章和辦法的建議與意見；組織實施有關計劃，檢查有關政策的執行情況；辦理出口產品退稅審批事項。
(八)征收管理司 組織實施綜合性稅收征管法規及規章、制度；指導稅務登記、申報工作和稅收資料的管理；負責稅法宣傳；管理稅收發票和票證。
(九)稽查局 擬定稅務稽查制度、辦法并組織實施；辦理重大稅收案件的立案和調查的有關事項并提出審理意見；指導、協調稅務系統的稽查工作。
(十)財務管理司 管理國稅系統的經費、財務、裝備和固定資產；監督執行稅務系統財務制度；審核匯編直屬單位的財務預，決算；辦理各項經費的領撥；組織實施國稅系統的內部審計。
(十一)計劃統計司 匯總分析全國稅收會計、統計信息數據；擬定稅收計劃和會計、統計制度并監督檢查執行情況。
(十二)人事司 擬定稅務系統的人事管理，管理國稅系統的人事、勞動工資、機構編制工作；承辦省級國家稅務局正副局長及相應級別干部的管理工作，對省級地方稅務局局長的任免提出意見；負責機關和直屬事業單位的人事管理；組織實施稅務系統的精神文明建設。 機關黨委 負責機關和在京直屬單位的黨群工作。
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