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(一)擬定公路、水路交通行業的發展戰略、方針政策和法規并監督執行。
(二)擬定公路、水路交通行業的發展規劃、中長期計劃并監督實施；負責交通行業統計和信息引導。
(三)對國家重點物資運輸和緊急客貨運輸進行調控；組織實施國家重點公路、水路
交通工程建設。
(四)指導交通行業體制改革；維護公路、水路交通行業的平等競爭秩序；引導交通運輸行業優化結構、協調發展。
(五)組織公路及其設施的建設、維護、規費稽征；負責汽車維修市場汽車駕駛學校和駕駛員培訓工作的行業管理。
(六)組織水運基礎設施的建設、維護、規費稽征；負責水上交通安全監督、船舶及海上設施檢驗和防止船舶污染、航海保障、救助打撈、通信導航工作；實施船舶代理、外輪理貨、航道疏浚、港口及港航設施建設使用岸線布局的行業管理。
(七)制定交通行業科技政策、技術標準和規范；組織重大科技開發，推動行業技術進步；指導交通行業高等教育和成人教育以及職業技術教育。
(八)負責部機關、部直屬單位的人事、勞動工資、機構編制管理工作；按規定管理部直屬單位主要領導干部；指導交通行業職工隊伍建設。
(九)負責政府間交通行業的涉外工作，指導利用外資工作；管理公路、水路交通與國際組織有關事宜，開展國際交通經濟技術合作與交流。
(十)管理和指導港口、航運公安工作。
(十一)承辦國務院交辦的其他事項。
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