根據第九屆全國人民代表大會第一次會議批準的國務院機構改革方案和《國務院關于機構設置的通知》(國發[1998] 5號)，組建國土資源部。國土資源部是主管土地資源、礦產資源、海洋資源等自然資源的規劃、管理、保護與合理利用的國務院組成部門。

　　一、職能調整

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　　(一)劃入的職能。

　　1.原國家土地管理局的行政管理職能。

　　2.原地質礦產部的行政管理職能。

　　3.原國家海洋局的海洋資源行政管理職能。

　　4.原全國礦產資源委員會及其辦事機構的行政管理職能。

　　5.原國家計劃委員會制訂國土規劃和與土地利用總體規劃有關的職能。

　　6.原冶金工業部、煤炭工業部、化學工業部、中國核工業總公司、中國有色金屬工業總公司等部門和單位行使的礦產資源行政管理職能。

　　(二)劃出的職能

　　1.地下水資源行政管理職能，交給水利部。

　　2.地籍測繪行政管理職能，交給國家測繪局。

　　(三)轉變的職能

　　1.國家基礎性、公益性、戰略性地質和礦產勘查任務，交給直屬事業單位承擔。

　　2.土地、礦產、海洋資源基礎信息和資源利用情況、變化趨勢的動態數據收集、技術處理及預測分析等職能交給直屬事業單位承擔。

　　3.實行政企分開，國土資源部不從事土地、礦產、海洋資源的經營活動，與所屬企業脫鉤，不再管理企業及企業生產經營開發活動。

　　(四)強化的職能

　　我國自然資源相對短缺，保護自然資源是我國經濟持續、快速、健康發展的基礎。國土資源部要在保護生態壞境的前提下，加強自然資源的保護與管理，尤其要加強耕地保護和土地管理，保障人民生活和國家現代化建設當前和長遠的需要。

　　二、主要職責

　　根據上述職能調整，國土資源部的主要職責是：

　　(一)擬定有關法律法規，發布土地資源、礦產資源、海洋資源(農業部負責的海洋漁業資源除外，下同)等自然資源管理的規章；依照規定負責有關行政復議；研究擬定管理、保護與合理利用土地資源、礦產資源、海洋資源政策；制訂土地資源、礦產資源、海洋資源管理的技術標準、規程、規范和辦法。

　　(二)組織編制和實施國土規劃、土地利用總體規劃和其他專項規劃；參與報國務院審批的城市總體規劃的審核，指導、審核地方土地利用總體規劃；組織礦產資源、海洋資源的調查評價，編制礦產資源和海洋資源保護與合理利用規劃、地質勘查規劃、地質災害防治和地質遺跡保護規劃。

　　(三)監督檢查各級國土資源主管部門行政執法和土地、礦產、海洋資源規劃執行情況；依法保護土地、礦產、海洋資源所有者和使用者的合法權益，承辦并組織調處重大權屬糾紛，查處重大違法案件。

　　(四)擬定實施耕地特殊保護和鼓勵耕地開發政策，實施農地用途管制，組織基本農田保護，指導未利用土地開發、土地整理、土地復墾和開發耕地的監督工作，確保耕地面積只能增加、不能減少。

　　(五)制訂地籍管理辦法，組織土地資源凋查、地藉調查、土地統計和動態監測；指導土地確權、城鄉地籍、土地定級和登記等工作。

　　(六)擬定并按規定組織實施土地使用權出讓、租賃、作價出資、轉讓、交易和政府收購管理辦法，制訂國有土地劃撥使用目錄指南和鄉(鎮)村用地管理辦法，指導農村集體非農土地使用權的流轉管理。

　　(七)指導基準地價、標定地價評測，審定評估機構從事土地評估的資格，確認土地使用權價格。承擔報國務院審批的各類用地的審查報批工作。

　　(八)依法管理礦產資源探礦權、采礦權的審批登記發證和轉讓審批登記；依法審批對外合作區塊；承擔礦產資源儲量管理工作，管理地質資料匯交；依法實施地質勘查行業管理，審查確定地質勘查單位的資格，管理地勘成果；按規定管理礦產資源補償費的征收和使用。審定評估機構從事探礦權、采礦權評估的資格，確認探礦權、采礦權評估結果。

　　(九)組織監測、防治地質災害和保護地質遺跡；依法管理水文地質、工程地質、環境地質勘查和評價工作。監測、監督防止地下水的過量開采與污染，保護地質環境；認定具有重要價值的古生物化石產地、標準地質剖面等地質遺跡保護區。

　　(十)安排并監督檢查國家財政撥給的地勘費和國家財政撥給的其他資金。

　　(十一)組織開展土地資源、礦產資源、海洋資源的對外合作與交流。

　　(十二)承辦國務院交辦的其他事項。

　　根據國務院的規定，管理國家海洋局和國家測繪局。

　　三、內設機構

　　根據上述職責，國土資源部設14個職能司〔廳)：

　　(一)辦公廳

　　組織協調部機關日常工作，負責有關文件的起草、重要會議的組織、文電處理、秘書事務、信息綜合、新聞宣傳、檔案、信訪、保密、保衛、接待、機關財務及資產管理等工作。

　　(二)政策法規司

　　組織起草有關土地資源、礦產資源、海洋資源的法律法規草案；組織協調部內有關立法工作；組織有關法律法規的宣傳教育；辦理有關行政復議事宜；調研和起草綜合性土地資源、礦產資源、海洋資源政策。

　　(三)規劃司

　　組織研究全國和重點地區國土綜合開發整治的政策措施，起草編制全國性及區域性的國土規劃、土地利用總體規劃、礦產資源和海洋資源保護與合理利用規劃、地質環境規劃；擬定土地供應政策；指導和審核基本農田保護規劃、土地復墾規劃、土地整理規劃、未利用土地開發規劃等專項規劃和地方土地利用總體規劃，參與報國務院審批的城市總體規劃的審核工作。

　　(四)財務司

　　組織擬定有關財務會計制度，對直屬單位的財務和國有資產進行監督管理；承擔國家財政撥給的地勘費和國家財政撥給的其他資金的財務管理工作；對國土資源部管理的各項行政事業性收費進行財務監督管理；對礦產資源補償費征收和使用進行監督。

　　(五)耕地保護司

　　擬定耕地特殊保護和鼓勵耕地開發政策、農地保護和土地整治政策、農地轉用管理辦法，擬定未利用土地開發、土地整理、土地復墾和開發耕地規定；指導農地用途管制，組織基本農田保護。

　　(六)地籍管理司

　　擬定地籍管理辦法，擬定土地調查、動態監測、地籍調查和統計的技術規范、標準，組織土地資源現狀調查、動態監測、地籍權屬調查、變更調查及統計；擬定土地確權、登記、發證和權屬糾紛調處規則和權屬管理辦法，承擔調處重大土地權屬糾紛。

　　(七)土地利用管理司

　　擬定土地使用權出讓、租賃、作價出資、轉讓、交易和政府收購管理辦法，擬定國有土地劃撥使用目錄指南和鄉(鎮)村用地管理辦法，指導農村集體非農土地使用權的流轉管理。指導基準地價、標定地價評測，指導審核評估機構從事土地評估的資格、確認土地使用權價格。

　　(八)礦產開發管理司

　　依法進行采礦審批登記發證和采礦權轉讓審批登記；

　　依法調處重大采礦爭議、糾紛；審核評估機構從事采礦權評估的資格，審核國家出資形成的采礦權評估結果；依法進行礦產資源開發、利用與保護的監督管理，依法征收礦產資源補償費。

　　(九)礦產資源儲量司

　　組織擬定礦產資源儲量管理辦法、標準、規程、規范；組織建立健全礦產資源儲量評審的專家系統；承擔礦產資源儲量管理和地質資料匯交管理工作；組織礦產資源供需形勢分析；研究擬定礦產資源政策。

　　(十)地質環境司

　　擬定地質遺跡等地質資源和地質災害管理辦法；組織編制和實施滑坡、崩塌、泥石流、地面沉降與塌陷等地質災害防治和地質遺跡保護規劃并對執行情況進行監督檢查；組織協調重大地質災害防治；指導地質災害和地下水動態監測、評價和預報；組織認定具有重要價值的古生物化石產地、標準地質剖面等地質遺跡保護區，組織保護地質遺跡和地質災害防治。

　　(十一)地質勘查司

　　組織擬定地質勘查工作標準、規程、規范；組織礦產資源、海洋資源調查評價，起草編制地質勘查規劃并對執行情況進行監督檢查；依法進行勘查審批登記發證和探礦權轉讓審批登記；審核對外合作勘查、開采區塊；依法調處重大地質勘查爭議、糾紛；審核評估機構從事探礦權評估的資格，組織確認國家出資形成的探礦權評估結果。

　　(十二)執法監察局

　　組織對執行和遵守國家土地資源、礦產資源、海洋資源法律、法規情況進行監督檢查，擬定土地執法監督和土地違法案件查處的規定，組織開展對土地規劃、農地轉用、土地征用、土地資產處置、土地使用權交易行為的監督檢查，依法組織查處重大土地違法案件。

　　(十三)國際合作與科技司

　　編制國土資源科技與外事工作規劃，對重大科技項目和外事工作的實施情況進行監督檢查；推進科學技術進步，推廣科技新成果；組織政府間和有關國際組織間的合作與交流，組織安排外事接待工作和辦理出國人員有關手續。

　　(十四)人事教育司

　　承辦部機關及直屬單位的機構編制、人事管理；起草編制教育發展規劃，指導教育學科、專業建設；組織培訓工作。

　　機關黨委。負責部機關及在京直屬單位黨群工作。

　　四、人員編制

　　國土資源部機關行政編制為300名。其中：部長1名，副部長4名，司局級領導職數48名(含機關黨委專職副書記)。

　　離退休干部工作機構、機關后勤服務機構及編制，按有關規定另行核定。

　　五、其他事項

　　國土資源部對省級人民政府國土資源主管部門實行業務領導，省級人民政府國土資源主管部門主要領導干部的任免，需征得國土資源部的同意。