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根據《國務院辦公廳關于印發中國證券監督管理委員會職能配置、內設機構和人員編制規定的通知》(國辦發[1998]131號)，機構監管部的主要職責為：草擬監管證券經營機構、投資咨詢機構的規則、實施細則；審核各類證券經營機構、投資咨詢機構的設立及從事證券業務的資格并監管其業務活動；審核證券經營機構、投資咨詢機構高級管理人員任職資格并監管其業務活動；審核境內機構在境外設立從事證券業務的機構；審核境外機構在境內設立從事證券業務的機構并監管其業務活動。
機構監管部內設綜合處、證券公司審核處、證券公司檢查一處、證券公司檢查二處和咨詢機構監管處5個處，各處的主要職責是：
1、綜合處負責部內行政文秘事務、綜合協調、外資證券機構監管以及領導交辦的其他有關事務。
2、證券公司審核處負責證券公司設立、變更與退出等事項的審核、證券公司高級管理人員任職資格管理、證券從業人員從業資格管理等。
3、證券公司檢查一處負責中南、東北地區證券公司的檢查與監管、證券公司承銷、自營資格的審核及綜合類公司業務有關政策的研究。
4、證券公司檢查二處負責西北、西南、華北、華東地區證券公司的檢查與監管、證券公司網上委托業務資格的合規性審核、證券服務部設立的審核及證券公司經紀業務有關政策的研究。
5、咨詢機構監管處負責證券投資咨詢機構設立、變更與退出等事項的審核、咨詢機構高級管理人員任職資格管理、咨詢機構從業人員業務活動的監管等。
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