根據主要職責，國家發展和改革委員會設26個職能機構：

　　(一)辦公廳。

　　負責會議組織、文電運轉、檔案管理、保密、秘書事務和政務信息等委機關日常政務以及委機關財務、資產管理、安全保衛等行政事務；負責機關電子政務的組織實施和信訪

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工作。

　　(二)政策研究室。

　　負責重要文件起草和信息發布工作；組織研究經濟社會發展、改革開放和國際經濟的重大問題。

　　(三)發展規劃司。

　　研究提出國民經濟和社會發展戰略、規劃生產力布局的建議；提出國民經濟和社會中長期發展、總量平衡和結構調整的目標和政策；提出推進城鎮化的發展戰略和重大政策措施；編制國民經濟和社會發展中長期規劃，組織編制和協調經濟社會發展專項規劃、區域規劃。

　　(四)國民經濟綜合司。

　　分析研究國內外經濟形勢，進行宏觀經濟的預測、預警，提出維護國家經濟安全的對策建議；組織研究并提出年度國民經濟和社會發展計劃，包括年度總量平衡、結構調整和重要商品平衡的目標和政策；提出促進經濟增長、增加就業、穩定物價和保持國際收支平衡等宏觀調控目標，以及運用各種經濟手段和政策的建議；擬訂并協調國家重要物資儲備計劃。

　　(五)經濟運行局(國務院減輕企業負擔部際聯席會議辦公室)。

　　監測分析工交行業經濟運行態勢，組織解決工交行業經濟運行的有關重大問題，研究提出工交行業經濟運行方面的政策建議；組織重要物資的緊急調度和交通運輸協調工作；提出動用國家物資儲備的建議；管理國家藥品儲備；承擔國務院減輕企業負擔部際聯席會議的日常工作。

　　(六)經濟體制綜合改革司。

　　研究經濟體制改革和對外開放的重大問題；組織擬訂綜合性經濟體制改革方案，協調有關專項改革方案；提出推進經濟體制改革和完善社會主義市場經濟體制的建議。

　　(七)固定資產投資司。

　　監測分析全社會固定資產投資狀況，研究提出固定資產投資的總規模、結構和資金來源，提出全社會固定資產投資調控政策；提出投融資體制改革的建議；安排國家撥款的建設項目和重大建設項目。

　　(八)產業政策司。

　　研究分析產業發展的情況，組織擬訂綜合性產業政策，組織和協調專項產業政策的制定，監督產業政策落實情況；提出國家鼓勵、限制和淘汰的生產能力、工藝和產品的指導目錄；研究服務業的發展戰略和重大政策，協調服務業發展；提出優化產業結構、所有制結構和企業組織結構的政策建議。

　　(九)國外資金利用司。

　　研究國際資本的動態，監測分析我國利用外資的狀況，提出利用外資戰略，研究協調有關重大政策；負責全口徑外債的總量控制、結構優化和監測工作；提出利用外資規劃，提出國際金融組織、外國政府貸款規劃和限額以上備選項目；商有關部門擬訂外商投資產業指導目錄；安排限額以上外商投資重大項目；提出對境外投資的戰略、總量、結構、用匯的規劃和政策；安排在境外的資源開發類和大額用匯投資項目。

　　(十)地區經濟司(國家氣候變化對策協調小組辦公室)。

　　組織擬訂區域經濟發展規劃，提出區域經濟發展的政策；協調國土整治、開發、利用和保護政策，參與編制水資源平衡與節約規劃、生態建設與環境整治規劃；協調地區經濟發展，指導地區經濟協作，協調經濟特區和開放地區的重大問題；編制“老”、“少”、“邊”、“窮”地區經濟開發計劃和以工代賑計劃；承擔國家氣候變化對策協調小組的日常工作。

　　(十一)農村經濟司。

　　研究農業和農村經濟發展重大問題；提出農村經濟發展戰略和農村經濟體制改革建議；銜接平衡農業、林業、水利、氣象等的發展規劃和政策。

　　(十二)能源局(國家石油儲備辦公室)。

　　研究國內外能源開發利用情況，提出能源發展戰略和重大政策；擬訂能源發展規劃，提出相關體制改革的建議；實施對石油、天然氣、煤炭、電力等能源的管理；管理國家石油儲備；提出能源節約和發展新能源的政策措施。

　　(十三)交通運輸司。

　　研究交通運輸發展的狀況，提出交通運輸發展戰略、規劃和體制改革建議；擬訂促進交通運輸技術進步的政策，對交通運輸現代化實施宏觀指導。

　　(十四)工業司(國家履行《禁止化學武器公約》工作領導小組辦公室、稀土辦公室、鹽業管理辦公室)。

　　分析工業發展情況，研究新型工業化發展戰略；擬訂主要工業行業規劃和產業政策，提出相關體制改革建議，對工業現代化實施宏觀指導；指導行業技術法規和行業標準的擬訂；指導引進的重大技術和重大成套裝備的消化創新工作；承擔國家履行《禁止化學武器公約》的組織協調工作；承辦稀土行業發展的有關工作；負責鹽業行政管理工作。

　　(十五)高技術產業司。

　　研究高技術產業及產業技術的發展動向，提出高技術產業發展和產業技術進步的戰略、規劃、政策、重點領域和相關建設項目；提出支持重點技術產業發展的政策，組織可促進和帶動國民經濟素質提高的重大產業化示范工程和重大成套裝備的研制開發；組織推動技術創新和產學研聯合，推動國民經濟新產業的形成。

　　(十六)中小企業司。

　　研究中小企業、非國有經濟發展的有關問題，促進多種所有制企業公平競爭，共同發展；研究提出扶持中小企業發展的政策和具體措施，加大對中小企業發展的宏觀指導和扶持；指導和促進中小企業的對外合作，健全完善中小企業服務體系；協調中小企業和非國有經濟發展中的問題。

　　(十七)環境和資源綜合利用司。

　　研究解決經濟、社會與環境、資源協調發展的重大問題；提出資源節約和綜合利用政策；編制資源節約和綜合利用規劃，參與編制環境保護規劃；組織協調環保產業有關工作，依法組織協調清潔生產促進工作；組織協調相關重大示范工程和新產品、新技術、新設備的推廣應用。

　　(十八)社會發展司。

　　提出社會發展戰略，擬訂和協調社會發展規劃和年度計劃；協調人口、文化、教育、衛生、體育、廣播影視、旅游、政法、民政等發展政策；協調社會事業發展和改革的重大問題。

　　(十九)經濟貿易司。

　　監測分析國內外市場狀況，負責重要商品總量平衡和宏觀調控；編制重要農產品、工業品和原材料進出口總量計劃，監督計劃執行情況并根據經濟運行情況對進出口總量計劃進行調整；管理國家糧食、棉花等儲備，指導監督國家訂貨、儲備、輪換和投放；提出現代物流業發展的戰略和規劃，協調流通體制改革中的重大問題。

　　(二十)財政金融司。

　　研究分析全社會資金平衡；研究財政政策和貨幣政策以及財政、金融體制改革的問題，分析財政政策和貨幣政策的執行情況并提出建議；提出直接融資的發展戰略和政策建議；參與確定有價證券的發行總規模、結構和投向；研究提出企業債券的發行總量和資金投向。

　　(二十一)價格司。

　　監測預測價格總水平變動，提出價格總水平的調控目標、調控政策和價格改革建議；起草商品價格和收費方面的法律、法規；擬訂重要商品價格和收費政策并組織實施；提出價格管理的范圍、原則和辦法；擬訂和調整中央政府管理的商品價格和收費標準；組織重要農產品成本調

　　(二十二)價格監督檢查司。

　　指導價格監督檢查工作，組織實施價格檢查，依法處理商品價格和收費的違法行為和違法案件；承擔中央各部門、省級人民政府和中央企業的價格違法案件的審理工作；起草價格監督檢查的行政法規、規章，按規定受理價格處罰的復議案件和申訴案件。

　　(二十三)就業和收入分配司。

　　研究就業、居民收入分配和社會保障的情況，提出就業規劃，提出促進就業、調整收入分配、完善社會保障與經濟協調發展的政策；組織擬訂和論證相關體制改革方案，協調解決相關的重大問題。

　　(二十四)法規司。

　　組織起草有關法律、行政法規和規章；負責有關法律、行政法規和規章執行情況的調查研究；負責相關行政復議、行政應訴工作。

　　(二十五)外事司。

　　負責國家發展和改革委員會與國際組織、外國政府及機構合作的有關事宜；協助有關司推進重大涉外項目，開展國際經濟調研；負責委機關日常外事工作。

　　(二十六)人事司。

　　按管理權限，負責委機關及委屬單位的干部管理和人事工作。

　　機關黨委。負責委機關、委管國家局和委屬單位的黨群工作。

　　保留國民經濟動員辦公室、重大項目稽察特派員辦公室和國家物資儲備局。