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11月1日，中國科學院建院55周年，溫家寶和陳至立考察了中科院。溫家寶指出，科技發展關鍵在人才，為此要“面向世界廣攬人才，創造優秀人才脫穎而出的良好環境”；陳至立則強調改革科技體制，建立“績效優先，鼓勵創新、競爭向上、資源共享、協調發展、創新增值”的資源配置機制。
抓住了人才和體制，的確就抓住了科技創新的根本。但是，中國的科技發展，還面
臨著巨大的結構不平衡與層次不協調的難題；突破這個難題，正是中國國家科技創新的關鍵。
以中科院為代表的科研院所體制改革迅速，科研成果豐富。對研究院所進行了深層次、大力度的改革，提高了科技創新能力，形成了較完整的創新體系。相反，中國的高等院校系統改革遲緩，業績平平。高校既沒有進入國家知識創新工程，科技創新體系未能形成，原始性創新能力缺乏，科研管理體制與機制嚴重滯后，隊伍整合難，科技資源共享難，虛假科研成果評比活躍。高校近年來的改革僅僅集中在擴大招生規模和自主辦學收費等環節，收取的學費或爭取的經費大都用來擴建校園建筑，熱心“造廟”，無人“念經”。
其實，從世界范圍看，高校才應該成為一個國家科技創新的主力。據統計，發表于國際最高學術期刊NATURE和SCIENCE的論文總數，有2／3來自高校；在諾貝爾獎得主總數中，有3／4來自高校。世界排名前100所高校的諾獎得主占高校得主總數的94%，體現了世界一流大學強大的科技創新實力。而且，高校正成為經濟增長的發動機，美國斯坦福大學、哈佛大學對硅谷、波士頓地區高科技發展提供了有力的知識貢獻和人才支持。
在中國，政府直接“辦”科研機構的力量強大，相反專業性的科技學會、協會發育緩慢，對科技創新的作用與影響甚小。這亦與世界發展科技的經驗和趨勢不符。科技發展依賴于自身的專業評價，需要大力發展專業性的學會、協會等學術團體。國際第一流科研機構如德國馬普學會(MPG)、法國科研中心(CNRS)和德國聯合研究會(DFG)等都是按照專業學術組織進行民間自主管理方式運作的。在這方面，中國需要促進專業性學術組織的建立和創辦學術刊物的自由。
由政府直接舉辦科研機構和壟斷科研評價，還產生了兩個嚴重后果。第一是科研機構各自為政，資源很難共享。由于科研機構都有各自的行政隸屬關系，條塊分割，因此千方百計不讓“外單位”使用資源，2003年排斥其他科學家獲取“非典樣本”即為一例。第二是進行虛假的科研成果評價，以套取國家的科研經費，有人戲稱，現在高校的科研成果鑒定會應該成為打假的重點。
科技發展層次上的不協調同樣不利。中國在“載人航天”上的成就舉世矚目，已經“頂天”，但尚未“立地”。中國的縣(市)基層科技工作困難，已成為國家整體科技工作的最薄弱環節。全國90%的國土和80%的國民都包含在縣(市)范圍內，但全國30%的縣(市)科技經費很少或者沒有，近1／3的縣(市)可支配的財政科技撥款在10萬元以下，其中400個縣(市)沒有科技撥款。這當然導致了中國縣域經濟整體的結構升級緩慢和社會發展落后。
科技發展嚴重的不協調還體現在，政府高層對科技創新的重視與社會基層科學普及的困難、社會迷信的泛濫。2001年中國公眾具備科學素養的比例為1.4%，而早在1990年，美國公眾具備基本科學素養的比例就達到了6.9%。中央高層對科學的重視和倡導令人振奮，但目前社會上宣揚“神秘現象”、宣傳偽科學的書籍小冊子遠遠多于科普讀物，迷信活動甚至打著科學幌子招搖撞騙的商業行為比比皆是。科學精神的普及和反科學活動的清除是中國邁向科技大國的前提。
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