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雖然有了政策的支持，但連鎖藥店的發展并不如投資者想象的那么好。在推行跨省連鎖時，藥店老總們卻遇到了地方保護主義。麗珠連鎖藥業將在成都、南京開店，其負責人說，與當地醫藥公司合作是進入其他城市的唯一方式，但一定要取得控股權。
基礎設施落后同樣也成為連鎖藥業發展的問題。國家為了防止假連鎖藥店，要求必需達到100%的配送，連鎖藥店因此要投入巨資建物流配送中心，這大大影響了連鎖藥店的開店 速度。
此外，有業內人士認為，醫改在促進藥品零售業發展的同時可能也會對連鎖藥店發展形成一定的不利影響。連鎖藥店是以一個地區為中心，向周圍乃至全國各地輻射，而配合醫保的定點藥店是由各地主管部門確立。而且這些定點藥店的名額太少，北京1000家藥店只有64家定點藥店，上海1500家藥店只有9個名額，廣州3000家藥店也只有30個機會。本地老牌藥店都不一定能夠輪上，外地藥店的希望就更小。另外符合定點藥店標準的藥店很多，評選上不透明，外地藥店缺少本地關系就略顯吃虧。上海評選出的9家定點藥店就沒有一家外地藥店，北京同仁堂廣州藥店負責人就表示他們沒有申請廣州的第一批定點藥店。由于定點藥店在醫保中具有重要地位，這肯定會對藥品零售競爭帶來巨大影響，也將給連鎖藥店發展帶來不明朗的因素。(何海瑛）
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