自2000年出任人民銀行副行長以來，吳曉靈先后分管過貨幣政策、金融市場、條法、金融穩定、會計財務等各部門的工作。

　　由于人民銀行工作的特殊性，作為領導，要面臨較大的國內和國際壓力。尤其是近年來，由于中國經濟的飛速發展，貨幣政策面臨著較大挑戰。不僅如此，人民銀行還要平衡與其他各個部門之間的關系。所以，工作的藝術性和方法性就顯得十分重要。

　　在1997年的金融危機中，作為外匯局史上第一位女局長，吳曉靈和眾多政府官員一起，在金融危機中起到了中流砥柱的作用。在1998年的外匯大檢查中，外匯局采取了及時和恰當的措施，使一場可能爆發的金融危機得到了及時的化解和制止。

　　2005年人民幣匯率改革之后，是她首先提出了“藏匯于民”，并且多次強調中國企業要關注對新匯率政策的適應情況。

　　而當面對境外組織要求人民幣升值時，吳曉靈曾多次代表中國政府明確了拒絕人民幣過快升值的觀點。2007年10月19日，針對G7會議發布的敦促中國政府允許人民幣加速升值的公告，吳曉靈針鋒相對地指出：“中國外匯體制改革過快將損害中國經濟，也不利于世界經濟，甚至可能因此拖垮世界經濟。”這場會議上，吳曉靈的表現讓眾多人士印象深刻。

　　一位外電記者事后評價說：“吳曉靈行長表現得非常機智，她對很多問題的回答，非常具有全球性的戰略眼光。同時，把自己所代表的中國人民銀行的聲音傳遞得非常到位。”