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中小企業板具有多種優勢，但投資者在把握中小企業板市場機遇的同時，切不可忽視其中存在的風險因素：
一、早期介入資金性質造成的風險
由于初期的中小企業板市場容量很小，大部分主流資金無法通過正常途徑容納進來
，只能處于等待觀望的狀態。早期進入中小企業板的資金，恰恰是以流動性強的短線投機資金為主，這部分資金的操盤手法兇悍，以短線套利為目的，容易造成股價劇烈震蕩。
二、早期市場規模較小引發的風險
市場規模較小容易提高系統風險，這在中國股市的早期階段已經得到充分驗證。而且，中小企業板被投資者廣泛看好，輿論中甚至發出要將中小企業板股票炒到百元以上的不理智呼聲等，這些都將會增加該市場的風險。
三、上市門檻降低的風險
由于中小企業板的上市門檻降低，中小企業板的上市公司經營狀況、技術含量、業績增長情況以及上市公司的誠信道德等方面，都存在一定的非系統風險。這類風險還體現在市場運作風險和投資風險等多方面。
四、高速擴容的風險
根據深交所的規劃，在中小企業板第一只股票上市后的三個月推出中小企業板指數，而編制指數至少需要50只股票。也就是說，中小企業板在三個月內有可能安排50只股票上市，再加上主板市場還要發行上市股票，這給原本就捉襟見肘的資金面帶來沉重壓力，高速擴容帶來的風險不容小視。
五、過度炒作的風險
股價開盤過高就會出現一步到位的走勢，以后的行情很容易陷入逐漸滑落中，類似情況在主板市場已經屢見不鮮。
六、股權分置的風險
第一股新和成在剛剛完成股票發行后，就大肆向老股東分配，一次性派發現金紅利就超過5000萬元。在股權分置的問題沒有解決之前，在中小企業板上市的又幾乎全部是民營企業，家族擁有企業的絕對控制權，一股獨大現象在所難免。 尹宏鋉
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