在董事會制度建設和運行方面，南京銀行有兩點鮮明的特色。其一，根據監管規定并結合自身公司治理的要求，制定了《董事履職評價辦法》，并在實際運行中，對董事進行嚴格考核評價，體現了公開、公平和公正原則，提高了董事履職的積極性和創新性。其二，實行了《董事會履職自評價報告》制度，對年度董事會在公司治理、發展戰略、資本管理、風險管理、審計監督等方面進行全方位評價，并針對不足，提出下年度的改進計劃，使公司治理由“形”向“神”邁進。

　　公司董事會秘書在履職過程中進行了一些創新。(1)、制度創新：根據公司治理要求，建議實行了《高級管理層信息報告制度》，使得向董事會報告的事項及時、有序、完整，提高了董事會決策效率。(2)、組織創新：一是，為便于董事安排好自身工作，積極參加股東大會、董事會會議和專門委員會會議，建議實行了年度的會議預安排制度，使董事們能充分準備提案和建議；二是，針對部分異地獨立董事和股東董事的情形，推動實行了對專門委員會會議實行時間優化集中模式，既提高了委員的議事決策效率，也減少了不必要的會議成本。(3)、溝通創新：主要是促進了各專門委員會與經營層相關部門的對口指導和溝通，較好地解決了內部人控制問題。