林毅夫堅持用現代經濟學的方法深入研究中國的經濟改革和發展問題，并從中國經濟改革與發展的實踐經驗教訓中總結、提煉出一般性的經濟發展理論，不僅對于發展經濟學和制度經濟學理論發展做出了重要貢獻，而且也為中國改革過程中經濟政策的制定提供了許多良策，同時積極推動了規范化的經濟學研究方法在國內的運用。

　　他運用現代經濟學的方法研究了中國農村耕作制度的變遷及其對中國農業發展的影響，并進一步上升為對制度變遷理論的一般性思考，提出了誘致性制度變遷和強制性制度變遷概念，為國內外學者研究制度變遷提供了一個富有啟發性的分析框架。

　　林毅夫以經濟學的基本方法分析近幾十年來發展中國家、特別是中國改革前后的經濟實踐中的若干經驗教訓，通過對大量歷史證據的歸納，系統提出了經濟發展的比較優勢戰略理論，該理論通過引入“企業自生能力”概念，放棄新古典經濟學中“所有企業都具有自生能力”的隱含假定，從要素稟賦-比較優勢-產業技術結構-發展戰略-制度結構的基本邏輯出發分析經濟轉型和經濟發展問題，引起國內外經濟學界的廣泛關注。此外，他還進一步研究了發展戰略與收入分配的關系、發展戰略對金融結構的影響、發展戰略與對外經濟開放的內在聯系等問題，從而初步建立了一個一般的發展經濟學理論體系。

　　他的獲獎著作為《自生能力、經濟發展與轉型：理論與實證》(北京大學出版社，2004年)。該書在比較優勢和發展戰略的統一分析框架下，闡述了政府的發展戰略影響企業的自生能力、經濟體系中的各種制度安排和經濟績效的理論邏輯，并力圖以中國和其他國家的發展經驗來檢驗這一理論邏輯的各種推論。該書對發展中國家和轉型中國家的經濟發展和改革問題,提出了一套邏輯比較嚴密的理論體系，為中國經濟改革和發展提出頗有價值的政策建議。

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