2006年，中國長航克服運力相對不足、燃油價格上漲、沿江管道全面替代、三峽船閘完建開工礙航、人力資源結構性緊缺等困難，優先保障沿江電廠、煉油廠、鋼廠等國家重點企業的運輸需求。2006年完成礦石運量4540萬噸，同比增長7.8%；周轉量338億噸，同比增長13.8％；完成油運量3434萬噸，同比略有減少；周轉量820.7億噸千米，同比增長62.9％；完成電煤運量1813.2萬噸，周轉量136.4億噸千米，確保了國家重點企業所需煤炭運輸。

　　中國長航高度重視國家重點物資運輸，每季度召開運輸生產工作會，對運輸生產工作及國家重點物資運輸進行全面部署；每月制定煤炭、石油、礦石等運輸生產計劃，提出有關落實措施，確保國家重點物資運輸。同時，中國長航通過走訪重點客戶、貨主單位，了解客戶運輸需求，及時調整運力。電煤運輸方面，中國長航長航鳳凰公司建立電煤運輸快速通道，及時為岳電、諫電、常潤、海螺等沿江沿海企業，制定有效的運輸計劃和方案，全力保障重點企業的運輸需求。石油運輸方面，中國長航南京公司采取調整船舶航線、延緩計劃修理等措施，保障油運運力，并通過海進江和長江三程的有效銜接，縮短船舶航行及裝卸時間，提高船舶運行效率。礦石運輸方面，中國長航長航鳳凰公司在運力保障、運行組織、貨物配載等方面，確保武鋼、馬鋼、鄂鋼等戰略客戶運輸需求，并加強與沿江沿海港口的協調，全過程跟蹤監控，千方百計地壓縮駁船待卸、待裝、待港時間，提高船舶效率。