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目前，大部分行政事業單位都納入了會計集中核算。實行會計集中核算，給審計工作帶來了新的困難和挑戰，作為審計部門必須用新的辦法和新的對策與之相適應，緊跟財政改革步伐。
第一，完善審計程序。一是在審前調查方面，除調查被審計單位外，還應調查會計集中核算中心。二是審計文書既要送達被審計單位，同時還需要抄送會計集中核算中心。三
是在審計承諾書的簽署和審計證據的簽字上，應由被審計單位和會計核算中心同時簽字、蓋章。四是審計報告征求意見方面，要征求被審計單位的意見，同時也征求會計核算中心的意見，被審計單位和會計核算中心應當分別對審計報告列舉的事實和提供的數據進行認定。
第二，審計重點應有新突破。要以真實性審計為重點，檢查財務支出的轉移情況。實行會計集中核算后，一些單位為了使一些不合規的支出合法化，有的可能采取巧立名目、弄虛作假的手法進行報銷；個別單位還可能將有些費用轉嫁到下屬單位或企業報銷。對此要從真實性入手，采取內查外調的方法，廣泛聽取群眾意見，合理測算單位費用支出比例，下大功夫進行查處。要采取多種方式，深挖賬外賬和私設“小金庫”問題。
第三，要把握違規違紀問題的責任劃分。對進入會計集中核算的單位審計時，在審計問題的定性上，與傳統的會計核算形式不同的是，實行會計集中核算后，有些問題涉及到了會計核算中心，對此，審計人員應從以下三個方面進行把握：一是財務收入的真實性、合規合法性，以及財務支出的真實性由被審計單位負責。二是會計核算業務的正確與否應由會計核算中心負責。三是財務支出的合規性、合法性以及有關票據的真假由被審計單位和會計核算中心共同負責。
第四，加大對會計核算中心的整體監管力度。財政、審計、監察等部門成立核算中心監管組，定期不定期對其進行監督形成合力，加大對財政的管理和監督運行，保障各單位的經費及時準確的核撥、核算、使用、規范會計事項，促進各單位正常運作。重點審查會計核算中心與被審計單位有無相互銜接、切實可行的內控制度；審查納入會計核算中心管理的專項資金是否及時撥付，有無無故滯留或有意拒付；審查進入會計核算中心的各項資金特別是大宗資金的流向是否合理、合法。（王志義 高文郎）
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