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在中國上網人數已經超過1億、電子商務以每年100%的速度增長、從事電子商務的企業達300多萬家、電子商務交易額突破6000億元的時候，網上交易中稅收法律和制度的缺失問題越來越明顯地暴露出來。
如果這個店主開的是“有形店鋪”，除了有每月商鋪的租金，還會有大量的稅費支出，如營業稅、教育附加稅、城市維護建設稅、水利建設基金稅，等等。此外，還有與各種
機構打交道的“隱形”成本。
比較起來，網上開店省事、省錢，交易手續簡單很多：申請一個賣家賬戶、進貨、拍照、上傳商品信息、繳納商品登錄費、查看買家的留言或郵件、用郵件或電話確認交易、收款、發貨、繳納交易服務費。在這個完整的交易過程中，沒有稅收的角色。
而北京市地稅局的有關工作人員在此前接受媒體采訪時表示，按照中國稅法規定，不管通過何種形式，只要是發生交易行為就得繳稅。
如果是生產經營型企業，即使是在網上交易，也應繳納17%的增值稅。如果是個人開的只是簡單買進賣出的店，則要繳納4%的增值稅。
此前，商務部發布了《商務部關于網上交易的指導意見》的征求意見稿，也提出了個人開網店需在工商注冊，并需要繳納4%增值稅。
事實上，國內還沒有專門針對網上交易的稅法，這也是這部分稅收一直缺失的原因。如果在網站申請的交易賬號是公司賬號，稅務部門可以通過公司的賬目情況查到稅源。如果是個人賬號，尤其是個人對個人的交易(即C2C)，稅務機關根本不可能有精力查賬。
如果從支付角度來控制，稅務機關仍然不可避免地被繞過。以規定必須使用“支付寶”的淘寶網為例，如果每一筆交易，都是通過“支付寶”來完成，稅務機關會很容易得到交易數額并征稅。但事實上，很多用戶都是在網上聯絡，私下交易，成功避開了“支付寶”的監督。
解決網上交易的稅收問題，首先要解決電子商務征稅的法律問題。事實上，有關法律幾年前就有要出臺的傳聞，但至今仍懸而未決；其次，針對電子商務的特點，可以在征稅政策方面有所創新，如對個人店鋪征固定的稅額，簡化報稅手續實行電子報稅等。
此外，電子發票、電子稅單、電子簽名等電子認證方式也應與電子商務同步發展。稅務機關應該研制出適合互聯網企業使用的稅務征管軟件，審計部門應開展專門的電子審計工作。因為電子商務打破了傳統的空間概念，這些部門還需要認真研究屬地原則，加強與其他國家的合作。
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