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6月底，國家審計署審計長李金華在《關于2005年度中央預算執行的審計工作報告》中劍指轉移支付，讓對“跑部錢進”等現象的討論再次白熱化。
李金華已經幾次對轉移支付“開炮”了。6月3日，在“中國科學與人文”論壇上，李金華曾形象地打了個比喻：中央轉移支付從中央部門一直流到村莊，渠道很長，這個水渠是要“滲水”和被“截流”的，有時候水流到村里面就沒有了。
2005年，審計署對20個省(區、市)地方預算進行抽查發現，中央預算編入地方預算有3444.27億元，約占中央實際轉移支付7733.65億元的44.5%，這意味著中央轉移支付有一半以上沒有納入地方財政預算，完全脫離了人大的監督，有的甚至脫離了政府的監督。
這次的審計報告中，提出了地方財政對中央稅收返還和補助收入預算編報不完整、部分專項轉移支付項目設置交叉重復、分配制度不完善、資金投向較分散等問題，并指出了中央部門在部門預算中安排中央補助地方支出的做法的不妥之處。
據不完全統計，2005年中央財政分配的239項專項轉移支付項目中，有41項存在內容交叉重復的問題，涉及資金156.37億元。這就出現了項目設置交叉重復和資金投向較為分散等問題。
人大常委會委員張肖指出：“這239項哪些是必須保留的？哪些是可以取消的？哪些是可以整合的？我認為應該把這個問題作為一個重點問題，人大常委會要進一步監督。”
此外，這么多轉移支付的資金分散掌握在中央不同的部門手中，不利于充分發揮資金的使用效率。
以前大家“跑部錢進”，這個“部”主要是指財政部和發改委，而現在已經不僅局限于這兩大部委了。目前，參與中央轉移支付資金分配的部門多達37個。
以農村問題為例，國務院扶貧辦、農業部、水利部、教育部、科技部、發改委都掌管著農村建設的一部分錢。一個基層單位到這個部委“跑部錢進”未果，可以換個名目到另外一個部委“跑部錢進”，當然還可以多管齊下。
同時，有了一塊錢，也就有了一塊權。伴隨中央各個部門管的錢越來越多、管的事越來越多，涉及的話語權也越來越大，部門預算和權力也有越來越膨脹的趨勢，這將不利于推進政府行政體制改革。
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