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2005年，中央財政綜合運用多種手段，加大對地方特別是中西部地區的支持力度，進一步加強了轉移支付資金管理，改善了轉移支付結構。審計調查發現的主要問題是：
1.地方財政對中央稅收返還和補助收入預算編報不完整。究其原因，一是中央預算年初沒有將中央補助地方支出分解到地區和項目，而且省本級預算編報的時間早于全國人大審查批準中央預算的時間，地方政府在編制預算時難以對中央補助資金特別是專項補助的數
額作出預計。二是一些地方政府及其財政部門自覺接受人大監督的意識不強。雖然財政部2005年提出了“按上一年執行數或上級下達的預計數編報”的原則要求，但各地在實際執行中仍不規范。年初預算編報不完整，致使預算執行結果與年初預算出入較大；未編入預算的這部分資金實際上脫離了省級人大的審查監督。
2.部分專項轉移支付項目設置交叉重復、分配制度不夠完善、資金投向較為分散。目前參與中央轉移支付資金分配的部門多達37個。據不完全統計，2005年中央財政分配的239項專項轉移支付項目中，有41項存在內容交叉重復的問題，涉及資金156.37億元；有65項沒有管理辦法或管理辦法未公開，涉及資金705.89億元，占專項轉移支付資金總額的20%。
3.2005年，15個中央部門在部門預算中共安排中央補助地方支出383.69億元。這種由中央主管部門對口下達補助地方資金的做法，打亂了正常的預算管理級次和資金分配渠道，造成中央財政本級預算支出和補助地方預算支出不真實，不利于地方政府的管理和人大的監督。一些資金名義上是專項轉移支付，實際用作部門經費或系統內經費補助。
國家審計署建議，改進中央補助地方支出預算編報方式，清理整合專項轉移支付項目。
在補助地方支出中，專項轉移支付資金使用分散、部門職能及項目內容交叉重復的問題還比較突出，影響資金的使用效益和國家相關政策目標的實現。今后，要嚴格控制專項轉移支付項目的設置，新增項目須報經國務院批準；對到期的專項轉移支付項目要及時清理，逐步整合現有專項轉移支付項目，統籌安排轉移支付資金；改進資金分配機制，對明顯屬于地方事權范圍內的事項，具體項目的確定交由省級政府辦理，中央主管部門主要通過政策、規劃和必要的監督檢查，指導地方管好用好專項轉移支付資金，促進經濟和各項社會事業發展。
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