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現階段在各審計項目中進行的計算機審計，雖然在技術和方法上對傳統審計有較大的影響和改變，但從審計程序方面來分析，計算機審計實施的過程仍然遵循傳統審計的工作程序，也就是說，計算機審計的過程仍可用審計準備、審計實施、審計報告三個階段來劃分。
按傳統審計的劃分方式，審計準備階段的任務是：派出審計人員進行審前調查，了解被審計單位基本情況，明確審計重點，研究制定審計實施方案，發出審計通知書。在實施
計算機審計時依然如此，只不過方法和內容有所區別。具體工作內容有：按審計調查組組內分工，承擔實施計算機審計任務的審計人員要對被審計單位會計信息系統和業務信息系統進行全面調查和了解，并根據其他審計人員調查的內容和重點，確定需要采集和轉換哪些數據，然后再進行數據的采集和轉換。從目前大多項目計算機審計的實施過程來看，采集轉換數據普遍采用了兩種方式：一是要求被審計單位按要求格式和內容提供審計所需數據。二是經數據庫管理員授權，由計算機審計人員直接進入被審計單位數據庫系統提取數據。
實施計算機審計人員拿到需要的數據后，要根據審計需求進行數據整理。目前數據整理的方式大致有以下幾種方式：一是將采集的財務原始電子數據整理成和紙質賬簿相似的電子賬簿，以供還未掌握數據庫操作技術的審計人員能夠使用電子數據進行審計分析。二是將采集的財務數據、業務數據再整理導入到專用審計軟件中，以供掌握該軟件操作的審計人員使用。三是將采集的財務數據、業務數據再整理成各種數據表，導入到通用的數據庫操作系統軟件（如SQL SERVER系統等）中，以供熟練掌握數據庫操作技術的審計人員使用。
在審計實施階段，審計人員要根據審計實施方案中的審計分工和審計重點，把計算機審計技術和傳統審計技術相結合，運用分析性測試程序和實質性測試方法，對所采集轉換的報表、賬戶等電子財務數據和相關的業務數據進行檢索、查詢、計算、核對、匯總等，并根據審計經驗對結果數據進行分析、推理和判斷，從中找出審計對象在進行經濟活動時存在的問題疑點，加以確認和證實，并對照相關法規加以判斷，以確定其經濟活動的真實性、合法性。這一階段計算機審計主要有以下內容：一是定義、操作和分析電子數據，查找和證實審計對象存在的問題。二是編制審計日記和審計工作底稿，記錄審計過程。三是整理審計數據，形成審計證據。
在審計報告階段，審計人員通過篩選整理審計工作底稿，確認審計證據，并據以撰寫、提交審計報告，審計機關形成審計決定和審計意見書，并督促落實審計決定。在此階段，計算機審計人員要整理審計過程中所形成的原始數據、中間結果數據和最后結果數據，整理審計工作底稿和相應的審計證據數據，充分利用法規查詢系統資源提供準確、可靠的法律法規依據，并要為各類統計系統和檔案系統提供相應的原始數據。計算機審計工作內容主要有：一、整理、存檔審計過程中形成的相關數據。二、為統計報表、檔案庫、專家經驗庫等基礎資料庫提供相關數據。（作者：審計署蘭州特派辦丁希良）
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