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根據審計署統一安排，2005年審計署駐昆明特派辦對云南煙草企業2003年度財務收支進行了審計。針對審計發現云南煙草企業在會計信息、經濟決策、煙草專賣、執行國家法律法規以及內部控制方面存在的問題，云南省煙草專賣局和云南中煙工業公司認真落實審計建議，積極整改，同時采取了一系列措施，進一步完善制度，加強管理。
一是從基礎制度入手，對原有的制度進行了清理、修改和完善。云南省煙草專賣局
和云南中煙工業公司針對審計發現部分單位銀行賬戶管理混亂的問題，下發了《關于進一步加強銀行賬戶管理有關問題的通知》；針對部分二級單位財務基礎工作薄弱的情況，制定了《關于進一步推行會計師委派制的實施意見》；針對產前投入資金在列支使用方面存在問題，出臺了《關于進一步加強和規范煙葉產前投入的通知》等，使得用制度管人、管錢、管物資的觀念更加深入人心。
二是嚴格要求，舉一反三，加強內控。由于云南煙草企業點多面廣，昆明辦未對所有二級單位進行審計。這次審計結束后，云南省煙草專賣局和云南中煙工業公司組織10家會計師事務所，對昆明辦審計中沒有抽查的27家二級單位、112家三級單位，比照煙草審計的標準和重點內容進行了審計，并嚴格按照財經法規進行了處理。
三是培訓法定代表人和財務審計人員，進一步提高了相關人員的財務管理水平。針對審計發現對二級單位的監管力度不夠、一些下屬單位法律意識不強、本位主義較嚴重、資金使用缺乏有效約束的問題，云南省煙草專賣局和云南中煙工業公司在審計結束后舉辦了三期財務管理培訓班，對二、三級單位法定代表人、財務負責人、審計負責人進行了財務知識培訓，進一步增強了他們的財經法規意識和財務管理能力，為合法經營和提高企業管理水平打下了良好的基礎。
云南煙草企業重視審計和整改，并通過審計進一步規范了企業行為，加強了企業內部管理，使此次審計充分體現了李金華審計長提出的“對企業的審計監督要更多地體現在幫助企業整改問題、促進企業強化管理和提高經濟效益上”的要求，實現了審計服務于國家、服務于企業的目的。
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