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2005年8月下旬至2006年1月下旬，審計署分兩個階段對國家人口計生委進行了經濟責任審計和2005年度預算執行審計。審計期間，國家人口計生委積極配合，真實、完整、及時地提供相關資料，保證了審計工作順利進行。針對這次審計發現的問題，國家人口計生委黨組召開專題會議，認真研究，并提出了四項整改措施，責成有關部門逐項落實。
一是加強制度建設，強化預算管理。該委制定和完善《人口計生委預算管理辦法》
、《農村基層計劃生育服務體系建設項目管理辦法》、《計劃生育避孕藥具專項經費管理辦法》、《人口計生委國際援助項目資金管理辦法》、《人口計生委國有資產管理辦法》等規章制度，以強化預算約束，規范資金使用，加強財務監管，提高資金使用效率。
二是加強基礎工作，全面提高財務管理水平。該委根據財政部政府收支分類改革和國庫集中支付的要求，充實調整財務管理部門，重新劃分財務人員的崗位職責，規范預算、決算編制和會計核算各項工作流程，制定標準化工作細則。
三是加強調查研究，積極推進專項經費和國有資產管理體制改革。該委集中組織了對歷年來中央本級財政專項資金使用和管理情況的全面清查，并將會同有關部門對計劃生育避孕藥具專項經費、中央補助地方計劃生育事業專項經費的分配和使用管理體制進行調研，從體制和制度方面解決財政專項經費管理使用中存在的突出問題；根據國家國有資產管理的有關法規，強化委機關和直屬單位國有資產管理工作，重點解決對外投資管理中的問題；督促有關直屬單位做好有關經費托欠賬款歷史遺留問題的清理工作。
四是加強能力建設，造就一支思想好、作風正、善管理的專業隊伍。該委分期分批組織系統的財務人員進行培訓，努力提高財務人員的政策水平、理論素養，增強業務操作能力、綜合研究能力和溝通協調能力，拓寬財會專業人員的管理視野和管理水平。(張漢湘)
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