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1988年畢業于中國協和醫科大學研究生院；1996年畢業于中歐國際工商學院，獲工商管理碩士學位。他自三元基因創業之初任總經理，連任至今。
北京三元基因工程有限公司，是一家從事研制、開發、生產和銷售基因工程藥物、基因工程疫苗和診斷試劑，并從事與之相關的技術貿易與技術服務業務的企業。
程永慶是中國第一家中外合資風險投資公司的職業經理人，在高科技創業投資方面具有成功的實踐經驗。他對三元企業發展的貢獻主要有四點。一是力主實現了有效的激勵機制，包括對經理人員實行期權制等。二是組建了一支有實力的科研隊伍，擁有一支由現代醫學、藥學與生物技術等學科的博士、碩士組成的高素質專業技術研發隊伍，具備一流的專業研發能力和協作工作經驗。三是在此基礎上運做成立了一流的研發中心，該中心擁有先進的程控發酵系統、蛋白純化系統及相關的基因工程研究試驗儀器和設備。此外，還與中國科學院、中國醫學科學院、中國預防醫學科學院等多家著名科學院所及國外多家科研單位與生物高技術公司建立了長期合作關系。現有技術資源儲備與整體研發實力在國內同行業企業中處于領先行列。四是實現了企業的專業化發展，從上游基因工程到下游生物活性物質的提取純化與藥物制劑學研究及臨床實驗研究，都已初具規模，研發中心正在開發的項目達十余個，包括基因診斷、基因治療及基因藥物與疫苗。
在程永慶的帶領下，三元基因的目標是通過不懈努力使公司成為三理想企業，即：對顧客，三元基因是優質、高效藥品的理想生產與服務企業；對員工，三元基因是發揮所長，實現自我價值的理想工作與學習企業；對股東，三元基因是高成長、高回報的理想投資企業。
基因工程難以限量的潛力，使得程永慶的事業同樣難以限量。在中國，像程永慶這樣既有優異的專業背景又有豐富的市場運做經驗的人是不多的。專業，可以使企業的發展始終有較強的行業敏感性，有利于把握技術前沿；而管理經驗，無疑是為高技術創造利潤打開了市場大通途。程永慶具備了天時、人和的有利條件。
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