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有效地保護基金持有人的利益，是基金市場可持續發展的前提。簡而言之，對基金持有人利益的保護可以從基金管理公司的內部治理結構、基金的組織形式、托管人的參與、市場中介的作用、行業自律組織的參與、監管機構的介入等多個角度進行。另外，這些對基金持有人利益保護措施的有效性如何，實際上還取決于不同的金融體系、金融市場的發展程度以及基本的法律環境密切相關。
大致對金融體系進行簡要的劃分，可以區分為以間接金融為主導的日德模式和以直接金融為主導的英美模式。因為金融市場發展程度的巨大差異，在基金持有人利益方面的主要渠道和措施存在十分明顯的差異。
在銀行體系占據主導地位的金融體系中，市場力量的影響力十分有限，公司內部的治理結構對于基金持有人的保護措施有限，在金融體系中具有重要地位的銀行、強勢的監管機構、以及在不同程度上依托監管機構的自律組織發揮的作用相對較大。僅以日本為例，在1998年以前，日本基金界為宜可以采用的形式是信托或者契約形式，基金持有人在基金管理的相關重要問題上的影響力十分有限，此時對基金持有人利益最為關鍵性的保護措施之一，實際上是日本大藏省對基金契約的審批過程，通過審批基金契約來防止基金管理公司與基金持有人之間可能出現的利益沖突，促使其充分披露相關的信息。大藏省還對基金的行業自律組織進行審批，在此基礎上行業自律組織提出基金行業的基本商業規則和發展的指引。
與日本強烈的行政主導色彩的基金持有人保護結構相比，德國作為有代表性的間接融資主導的國家，則十分強調銀行的作用。在德國的混業經營體制下，大多數基金是由銀行發起設立的，托管銀行通常與基金管理公司歸屬于同一個金融集團。在保護基金持有人利益方面，德國強調托管銀行準確計算基金單位價值的責任。與日本類似的是，德國的基金持有人通常沒有能力影響管理公司的投資決策，但是投資者擁有提起訴訟的權力，特別是還具有代表人訴訟制度；基金信息的披露和基金條款的修訂則受到監管機構的嚴格監管。
與日德間接融資為主導的金融體系相比，英美等以直接融資主導的金融體系更為強調市場的約束力和公司內部的治理對保護基金持有人利益的積極作用。相比之下，英美國家的監管機構相對處于一個比較超脫的市場地位。例如，美國證監會對基金的設立采取注冊制，注冊過程中美國證監會關注的主要是所提供的材料是否包含投資決策所需要的各種信息，至于基金本身的優劣、基金本身對于持有人保護的合理程度等，則主要由投資者自主在基金公司披露的信息基礎上自主作出判斷。在強調公司內部治理的作用方面，以美國為例，1940年法案的關鍵內容就是強調投資公司的董事對基金持有人利于保護的行為規范，獨立董事在美國共同基金的治理中發揮了越來越重要的作用，近年來更為強調獨立董事在董事會中的多數原則、自我任命原則等等，以確保獨立董事履行其職責。在強調公司內部治理的基礎上，美國還強調投資者對于自身利益的保護，基金持有人有權對投資顧問協議、董事成員和收益分配的安排等影響到基金持有人利益的關鍵事項方面進行表決，有權批準公司投資策略的變動，有權影響董事會的構成。因此，在美國的基金市場上，基金持有人的參與和公司的內部治理在保護基金持有人利益方面處于十分積極主動的地位，相比之下，監管機構則處于相對消極的超脫地位，這是以美國完善的市場機制和法制環境為基礎的。在基金持有人的利益保護方面，英國基金市場的運作機制與美國市場十分接近，例如英國規定基金中對于基金投資政策的重大變化，必須要有75％以上的投票者同意才能夠通過，在監管方面英國更為強調自律組織的作用，1997年以前基金的監管主要由證券投資委員會負責，1997年之后則轉而由金融服務局負責，盡管證券投資委員會和金融服務局對于基金市場有廣泛的監督權，但是，實際上無論是證券投資委員會還是金融服務局都不是政府機構，雖然金融服務局要接受英國財政部和議會的監督，但是從嚴格意義上來說，英國政府并不對基金行業直接進行監管，想比較之下，英國更為強調自律組織對于基金持有人利益的保護作用。
因此，在保護基金持有人利益的各種可能渠道雖然是多方面的，但是隨著金融市場發展程度的不同、法制環境的不同、以及金融結構的差異，不同渠道的相對重要性存在明顯的差異。在銀行為主導的日德型間接融資體系中，基金持有人利益的保護更為強調政府監管機構的強勢參與，而在美英為代表的直接融資主導型金融結構，公司內部的治理結構、投資者的積極參與、以及自律組織的作用更為重要。這一簡要的結論對于中國基金市場基金持有人利益保護的借鑒意義也是明顯的，在以銀行為主導的金融結構環境下開始發展的基金業，在起步階段必然帶有十分明顯的日德型融資結構下基金業的一些特征，監管機構對基金契約的嚴密審核和監控事實上成為保護基金持有人利益的最為關鍵性的環節之一。但是，隨著金融市場的發展、基金市場的日趨成熟、法制環境的不斷完善，基金公司的內部治理、法律環境的完善、基金持有人對基金經營管理的參與將發揮更為重要的作用，例如強化基金的信息披露制度、促使基金持有人更多地參與基金的決策、推行公司型基金、完善基金持有人的代表訴訟制度、發揮自律組織的積極作用等，都是值得借鑒和考慮的方式
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